31 декабря 1991 года президент России назначил главой администрации края председателя комитета Верховного совета СССР по аграрным вопросам Аркадия Вепрева. 27 января 1993 года он был освобожден от должности по собственной просьбе, в тот же день и. о. стал его зам Валерий Зубов.
11 апреля 1993 года на выборах Валерий Зубов набрал 44,6%, его первый заместитель Валерий Сергиенко — 9,7%. 25 апреля во втором туре господин Зубов избрался с 73,1%, его соперник получил 19%.
26 апреля 1998 года в первом туре выборов глава края Валерий Зубов получил 35,4%, председатель Российской народно-республиканской партии Александр Лебедь — 45,1%. 17 мая во втором туре господин Лебедь набрал 57,22%, господин Зубов — 38,27%. 28 апреля 2002 года Александр Лебедь погиб в авиакатастрофе.
8 сентября 2002 года в первом туре досрочных выборов спикер законодательного собрания края Александр Усс набрал 27,67%, губернатор Таймырского АО Александр Хлопонин — 25,19%. 22 сентября во втором туре господин Хлопонин победил с 48,07% против 41,81% у соперника. Итоги выборов оспаривались избиркомом, но 3 октября президент Владимир Путин подписал указ о назначении Александра Хлопонина врио губернатора. В 2007 году он был переназначен (42 депутата были за, 8 — против).
19 января 2010 года господин Хлопонин назначен вице-премьером и полпредом президента в Северо-Кавказском федеральном округе. 17 февраля по представлению президента краевое законодательное собрание утвердило губернатором Льва Кузнецова, советника губернатора и главу компании "Колмар" (за были все 52 депутата).
На думских выборах 4 декабря 2011 года "Единая Россия" победила с 36,7% (в целом по стране — 49,31%). 4 марта 2012 года Владимир Путин набрал 60,16% (по стране — 63,6%).
12 мая 2014 года Лев Кузнецов возглавил Министерство по делам Северного Кавказа, созданное в тот же день, а врио губернатора стал полпред президента в Сибирском федеральном округе Виктор Толоконский.