Во время последней чеченской кампании Аргун, в отличие от Гудермеса, не сдался федералам без боя. И его брали штурмом. Те бои в декабре 1999 года и федералы, и боевики считают едва ли не самыми кровопролитными за вторую войну. Оставив Аргун, отряды Арби Бараева в январе следующего года попытались взять реванш. Ранним утром боевики с нескольких сторон вошли в город, блокировав комендатуру, администрацию и другие общественные здания. Бой продолжался несколько часов. На подмогу оказавшимся в кольце федералам из Грозного отправили колонну спецназа Западно-Сибирского РУБОПа под командованием 39-летнего ветерана Афганистана и первой чеченской войны, кавалера двух орденов Мужества подполковника Юрия Климова. На подъезде к городу колонна попала в засаду. Подполковник, считавшийся лучшим спецназовцем Сибири, был убит. Всего в тех боях погибли 14 милиционеров и солдат. Несколько десятков получили ранения.
Еще одна трагедия в Аргуне произошла в июле 2000 года. Тогда по заданию террористов Бараева и Хаттаба боевик-камикадзе на наполненной взрывчаткой машине врезался в здание общежития, в котором располагались прикомандированные милиционеры из Челябинской области. В результате взрыва 25 милиционеров погибли, а еще 40 получили ранения.