Федеральное государственное учреждение "Южная дирекция реализации программ и проектов" ведет начало от образованного в декабре 1993 года постановлением Госкомитета РФ по вопросам архитектуры и строительства Российского лицензионного архитектурного центра. В 2009 году было преобразовано в подведомственное Минрегиону ФГУ "Южная дирекция" и определено госзаказчиком восстановительных и строительных работ в Южной Осетии. Куратором ФГУ был назначен замминистра регионального развития Роман Панов (в настоящее время арестован по обвинению в мошенничестве). По завершении действия комплексного плана по восстановлению Южной Осетии затраты на него оценивались в 9,6 млрд руб. В августе 2010 года Генпрокуратура РФ заявила о нарушении "Южной дирекцией" бюджетного законодательства и закона о госзакупках и внесла представление главе Минрегиона Виктору Басаргину. В ноябре 2012 года Минрегион решил ликвидировать "Южную дирекцию". Ее функции перешли к республиканскому Министерству капитального, дорожного строительства и архитектуры.