15 февраля 1989 года завершился вывод советских войск из Афганистана. Через четыре дня президент Мохаммад Наджибулла ввел в стране чрезвычайное положение. К лету была отражена атака моджахедов во главе с Осамой бен Ладеном на город Джелалабад. В течение года боевики безуспешно атаковали Хост, Саланг, Герат и Кандагар.
6 марта 1990 года министр обороны Шахнаваз Танай возглавил вооруженный мятеж против Наджибуллы, отдав приказ о бомбовых ударах по столице с аэродрома Баграм. Путч был подавлен, мятежник бежал в Пакистан. В мае чрезвычайное положение было отменено. В декабре президент предложил моджахедам мирный план и участие в переходном правительстве, однако согласия не получил.
В марте 1991 года правительственные войска понесли первое серьезное поражение — моджахеды взяли Хост. В течение полугода было захвачено большинство уездных центров, под контролем правительства осталось лишь 10% территории страны.
С 1 января 1992 года СССР прекратил поставки оружия и горючего в Афганистан. 18 марта Наджибулла заявил о готовности покинуть пост, передав власть переходному правительству. 16 апреля после неудачной попытки бежать из страны он укрылся в здании миссии ООН. 28 апреля моджахеды вошли в Кабул, свергнув правящий режим. В стране вспыхнула новая фаза гражданской войны. Наджибулла четыре года укрывался в миссии ООН в Кабуле, но в 1996 году он был повешен захватившими город талибами.