Первый массовый приток беженцев в Россию начался в 1989 году, когда из Узбекистана после ферганских погромов прибыли свыше 20 тыс. турок-месхетинцев. В 1990 году свыше 90 тыс. армян приехали из Азербайджана. В 1991 году грузино-осетинский конфликт вынудил перебраться в Северную Осетию до 100 тыс. осетин. Во время гражданской войны 1992-1997 годов из Таджикистана в Россию бежали около 300 тыс. человек. Всего же, по оценкам, после распада СССР республики Средней Азии покинули до 2,5 млн русскоязычных граждан. В 1993-1994 годах в Россию переселились около 50 тыс. абхазских грузин. 50 тыс. человек приехали из зоны приднестровского конфликта. За время двух войн Чечню покинули порядка 500 тыс. жителей разных национальностей.
Всего в 1990-е годы в России получили статус беженцев и вынужденных переселенцев около 1,5 млн человек. Как отмечается в Концепции государственной миграционной политики РФ до 2025 года, "до сих пор законодательно закрепленные социальные обязательства перед ними до конца не выполнены". С начала 2000-х годов приток беженцев пошел на спад.
Проблемами беженцев и переселенцев государство занялось в 1992 году — была принята первая программа "Миграция", началась регистрация прибывающих. В 1993 году приняты законы "О беженцах" и "О вынужденных переселенцах", закрепившие их права.
Приток беженцев вызывал социальную напряженность в ряде принявших их регионов. Местные жители жаловались на образование этнических сообществ, рост криминала, конкуренцию за рабочие места. В частности, конфликты с местным населением привели к тому, что в середине 2000-х годов более 10 тыс. турок-месхетинцев переехали из Краснодарского края в США.
Многие из 100 тыс. русскоязычных беженцев из Чечни, перебравшихся в Ставропольский край, более десяти лет стоят в очереди за жилищными сертификатами. Компенсации за утраченное жилье (на семью полагалось около 125 тыс. руб.) у них ушли на выплату долгов и съемное жилье. При этом получившие компенсации граждане снимались с учета на улучшение жилищных условий и теряли право на проживание в центрах временного размещения. У многих беженцев до сих пор отсутствует регистрация, что затрудняет устройство на работу.