В начале 1990-х годов таможенные льготы получили различные ветеранские, объединяющие инвалидов, религиозные, спортивные и другие организации. По оценкам, к 1996 году полностью пошлины уплачивались лишь с 25% импортных сигарет и спиртного и с 50% электроники и мебели.
Так, в 1991 году указом президента от уплаты таможенных пошлин был освобожден Российский фонд инвалидов войны в Афганистане. При нем были созданы десятки коммерческих структур, которые импортировали алкоголь, сигареты, продовольствие, а также экспортировали цветные металлы, нефть и другое сырье. В 1993 году в фонде возникли скандал и раскол, когда выяснилось, что сотни миллионов долларов не дошли до инвалидов. В 1995 году льготы отменили.
В 1995 году структуры Русской православной церкви получили от правительственной комиссии по международной гуманитарной и технической помощи разрешение на беспошлинный ввоз сигарет с последующей реализацией. Через полгода льготы были отменены после ряда скандалов. СМИ, в частности, сообщали о выставлении церкви штрафных налоговых санкций на 98 млрд неденоминированных рублей. Кроме того, налоговым законодательством религиозные организации были освобождены от налога на имущество, налога на землю, НДС с оказываемых услуг.
Большинство льгот было ликвидировано в ходе налоговой реформы начала 2000-х годов. У НКО сохранился ряд послаблений. В частности, освобождаются от налога на прибыль доходы в виде благотворительных взносов и бюджетных поступлений. У общественных организаций инвалидов есть льготы по уплате НДС. Не подлежит налогообложению реализация предметов религиозного назначения и религиозной литературы. В июле 2011 года приняты поправки в Налоговый кодекс, расширяющий перечень видов деятельности, освобождаемых от налогов НКО.
На региональном уровне до сих пор принимаются решения о льготных арендных ставках для общественных организаций. В 2012 году департамент имущества Москвы уличил треть льготных арендаторов недвижимости в сдаче ее в субаренду. Это наносило городу ущерб в $170-325 млн в год. Из-за подобных проблем арендные льготы в ряде случаев заменяются адресными дотациями.