Федеральное агентство научных организаций (ФАНО) создано 27 сентября 2013 года в ходе реформы РАН, которая вызвала протесты ученых. Ранее президент Владимир Путин предложил главе РАН Владимиру Фортову возглавить агентство "на переходный период", но вопреки ожиданиям академиков на пост главы ФАНО перешел замминистра финансов Михаил Котюков.
24 декабря на первой встрече господина Котюкова с директорами институтов РАН академики признали, что готовы работать по новым правилам, несмотря на "неприятный осадок" от реформы. В течение года стороны готовили соглашение о сотрудничестве, определившее порядок и формы взаимодействия. Оно было подписано 10 сентября 2014 года.
30 октября 2014 года главы Минобрнауки, РАН и ФАНО, обсудив итоги года реформы, признали, что "проблем остается больше, чем достижений". Господин Фортов заявил, что "до сих пор закон не разделяет четко полномочия агентства и академии" и пожаловался на недофинансирование.
13 апреля 2015 года Михаил Котюков без объяснения причин и согласования с РАН уволил директора Института аналитической химии (ГЕОХИ) Эрика Галимова. Ранее ученый публично критиковал ФАНО за "несостоятельность в практической сфере" и "дезорганизацию работы".
20 апреля 74 академика направили премьеру Дмитрию Медведеву открытое письмо против "увольнения крупнейшего отечественного геохимика". Для урегулирования конфликта была проведена встреча Владимира Фортова, Михаила Котюкова и Эрика Галимова. 22 апреля глава ФАНО отменил увольнение господина Галимова, но тот по собственному желанию перешел на должность научного руководителя ГЕОХИ.
21 апреля главы Сибирского и Дальневосточного отделений РАН в телеграмме Владимиру Фортову назвали действия ФАНО "разрушительными для российской науки". По мнению ученых, агентство "взяло курс на фактическую ликвидацию научных учреждений и научных центров РАН в регионах". В тот же день премьер Дмитрий Медведев заявил в Госдуме, что правительство готовит новый документ, "регулирующий взаимоотношения между РАН и ФАНО".