В апреле 2013 года аудитор Счетной палаты Сергей Агапцов сообщил, что проверка по депутатскому запросу показала ненадлежащее исполнение "Роснано" задач по развитию наноиндустрии. В частности, были установлены факты перечисления более 1,2 млрд руб. фирмам, имеющим признаки однодневок. Материалы проверки направили в Генпрокуратуру и СКР.
В ноябре 2013 года СКР возбудил дело в отношении "Лиотеха" — проектной "дочки" "Роснано". Ранее СП выявила нарушения при строительстве завода "Лиотеха". В декабре возбуждено дело по факту мошенничества против экс-главы компании Александра Ерохина. В августе 2014 года его также заподозрили в превышении полномочий, связанных с перечислением китайским компаниям не менее 1,5 млрд руб.
12 февраля 2014 года генпрокурор Юрий Чайка сообщил, что против "Роснано" расследуются три уголовных дела, не уточняя деталей. В июне глава МВД Владимир Колокольцев также сообщил о трех делах против компании.
В апреле 2014 года московская полиция возбудила дело против кипрского фонда "Роснано" Nanoenergo Fund Limited, который якобы незаконно инвестировал $90 млн. Пострадавшей стороной стала другая "дочка" "Роснано" — ООО "Роснано Капитал".
21 августа 2014 года замгенпрокурора Александр Буксман, не называя имен, сообщил, что финансовый директор и члены правления "Роснано" стали подозреваемыми по делу о растрате более 300 млн руб.
В сентябре 2014 года в трех "дочках" "Роснано" (ООО "Роснано Капитал", ЗАО "Пластик Лоджик" и ООО "Усолье — Сибирский силикон") ФНС начала проверки по подозрению в уклонении от уплаты налогов и выводе денег за рубеж.
В апреле 2015 года кипрская Neas Limited подала в суд Калифорнии иск против "Роснано" и Анатолия Чубайса. Neas обвиняет бывшего партнера в "преднамеренном разорении" завода по выпуску поликремния Nitol.