В СССР госструктуры, курирующие рыболовство, в разных форматах существовали с 1918 года. В 1946–1953 годах было даже сразу два министерства — рыбной промышленности западных и рыбной промышленности восточных районов. С 1965 года работало Министерство рыбного хозяйства СССР.
14 декабря 1991 года указом президента Бориса Ельцина образован Комитет рыбного хозяйства при Минсельхозе РСФСР.
30 сентября 1992 года его правопреемником стал Комитет РФ по рыболовству (Роскомрыболовство), получивший статус самостоятельного органа федеральной исполнительной власти. 14 августа 1996 года он был переименован в Госкомитет РФ по рыболовству (Госкомрыболовство).
17 марта 1997 года указом президента Госкомрыболовство ликвидировано, его функции переданы Министерству сельского хозяйства и продовольствия. В мае того же года в структуре министерства образован департамент по рыболовству.
22 сентября 1998 года указом президента «в целях формирования эффективной структуры органов власти» воссоздан самостоятельный Госкомитет РФ по рыболовству.
12 марта 2004 года вместо комитета создано Федеральное агентство по рыболовству (Росрыболовство), подотчетное Минсельхозу.
26 сентября 2007 года агентство преобразовали обратно в госкомитет, передав ряд функций Минсельхоза и Россельхознадзора и поставив под руководство правительства. Глава ведомства Андрей Крайний тогда заявил: «По набору полномочий и функций мы по факту стали полноправным министерством».
13 мая 2008 года комитет вновь стал агентством и вновь был подчинен Минсельхозу. 18 мая шесть объединений отрасли обратились к правительству с просьбой приостановить преобразование. 30 мая 2008 года Росрыболовство вновь сделали подведомственным правительству.
21 мая 2012 года ведомство вернули в подчинение Минсельхозу.