19 сентября 1991 года Борис Ельцин назначил главой администрации области председателя исполкома Иркутского облсовета народных депутатов Юрия Ножикова. 20 марта 1993 года президент в телеобращении объявил об отстранении господина Ножикова от должности "за нарушение законодательства", СМИ сообщали о выявленных в области нарушениях во внешнеэкономической деятельности. Однако через два дня решение об отстранении было отменено.
27 марта 1994 года господин Ножиков победил на первых всенародных выборах главы региона (78,2% голосов), но 25 апреля 1997 года первым из губернаторов сложил полномочия по собственному желанию. 27 июля того же года досрочные выборы в первом туре выиграл мэр Иркутска Борис Говорин (50,3%), поддержанный движением "Наш дом — Россия". Вторым стал коммунист Сергей Левченко (18,92%). 19 августа 2001 года господин Говорин переизбрался во втором туре с 47,4%, обойдя того же Сергея Левченко на 2,37%.
26 августа 2005 года по представлению президента новым губернатором был утвержден начальник Восточно-Сибирской железной дороги Александр Тишанин. 15 апреля 2008 года он подал в отставку в связи с образованием нового субъекта РФ в ходе объединения Иркутской области и Усть-Ордынского Бурятского АО. Врио главы региона стал депутат Госдумы от "Единой России" Игорь Есиповский. 10 мая 2009 года он погиб в авиакатастрофе.
28 мая 2009 года президент Дмитрий Медведев внес на рассмотрение заксобрания кандидатуру зампреда Совета федерации Дмитрия Мезенцева. 8 июня он был единогласно утвержден губернатором.
На выборах в Госдуму 4 декабря 2011 года ЕР набрала в регионе 34,93% (в целом по стране — 49,31%). На выборах президента 4 марта 2012 года Владимира Путина поддержали 55,45% избирателей (по стране — 63,6%).
18 мая 2012 года полномочия Дмитрия Мезенцева были прекращены "по собственному желанию", врио стал предприниматель Сергей Ерощенко. 29 мая того же года он был утвержден в должности. 13 мая 2015 года ушел в отставку и был назначен врио главы региона.