Впервые действующий глава региона проиграл второй тур выборов в 1995 году. Всего за 20 лет зафиксировано 29 таких случаев: 19 — до 2000 года, 10 — в период с 2000-го и до отмены прямых выборов в 2004 году. После возвращения выборов в 2012 году губернаторы всегда побеждали в первом туре.
19 ноября 2000 года губернатор Калининградской области Леонид Горбенко во втором туре уступил командующему Балтфлотом Владимиру Егорову (33,2% против 56,8% голосов), которого поддерживал федеральный центр.
17 декабря 2000 года в Марий-Эл поддержанный ЛДПР, "Единством" и "Яблоком" заместитель главы Росгосстраха Леонид Маркелов обошел президента республики коммуниста Вячеслава Кислицына (57,96% против 33,73%). В тот же день глава Коми-Пермяцкого АО Николай Полуянов ("Единство") проиграл поддержанному СПС Геннадию Савельеву (40,09% против 44,25%).
8 апреля 2001 года в Амурской области губернатор Анатолий Белоногов (КПРФ) уступил депутату Госдумы из группы "Народный депутат" Леониду Короткову (42,86% против 49,42%).
29 июля 2001 года в Нижегородской области Иван Скляров с 28% проиграл депутату Госдумы коммунисту Геннадию Ходыреву (58,9%).
6 января 2002 года глава Республики Алтай Семен Зубакин (СПС) уступил депутату Госдумы, главе Аграрной партии Михаилу Лапшину (22,96% против 68,15%).
31 августа 2003 года президент Карачаево-Черкесии Владимир Семенов оказался позади главы Нацбанка республики Мустафы Батдыева (45,97% против 48,36%).
28 марта 2004 года в Архангельской области гендиректор молочного комбината Николай Киселев (единоросс, шедший как самовыдвиженец) с 75,06% взял верх над действующим губернатором Анатолием Ефремовым (17,53%).
4 апреля 2004 года в Алтайском крае единоросс Александр Суриков уступил поддержанному аграриями артисту Михаилу Евдокимову (46,08% против 49,75%).
5 декабря 2004 года в Псковской области единоросс Евгений Михайлов проиграл экс-депутату Госдумы Михаилу Кузнецову, поддержанному КПРФ (40,89% против 49,24%).