16 сентября первые крупные группы беженцев стали законно и незаконно входить в Хорватию с территории Сербии. Власти Хорватии разрешили беженцам пройти транзитом в Западную Европу, заявил во время выступления в парламенте премьер-министр страны Зоран Миланович.
В тот же день полиция Венгрии применила водометы и слезоточивый газ против беженцев, пытающихся попасть в Евросоюз через границу с Сербией. Как сообщили сотрудники правопорядка, группа мигрантов прорвалась через ворота на границе. Узнав о произошедшем, генеральный секретарь Организации объединенных наций Пан Ги Мун заявил, что шокирован таким обращением с мигрантами, заметив, что эти люди заслуживают того, чтобы к ним относились «с уважением и не нарушая их человеческих прав».
15 сентября Венгрия заблокировала для мигрантов границу с Сербией. Правоохранительные органы страны за незаконный въезд задержали 9380 беженцев, прибывших из Сербии. Из-за миграционного кризиса власти страны ввели чрезвычайное положение сроком на полгода в двух граничащих с Сербией регионах.
14 сентября в Венгрии установлен новый рекорд по числу мигрантов и беженцев, прибывших в страну за один день,— 5809 человек. Чехия планирует укрепить охрану границы с Австрией. Словакия временно восстановила контроль на границах с Венгрией и Австрией из-за наплыва беженцев. Германия возобновила пограничный контроль со всеми странами Евросоюза. Польша выступила против введения квот, по которым беженцы автоматически распределяться среди стран—членов Евросоюза.
В тот же день министры внутренних дел Евросоюза утвердили июльское решение о запуске временного механизма расселения из Греции и Италии 40 тыс. беженцев, но отложили до октября решение о предложенном Еврокомиссией механизме распределения по странам сообщества 120 тыс. беженцев.
13 сентября полиция федеральной земли Верхняя Австрия обнаружила на автотрассе А8 грузовик-рефрижератор, в котором находились 42 мигранта из Сирии и других стран региона. Около 12,2 тыс. беженцев прибыли в немецкий Мюнхен за сутки. Рекордное количество беженцев — 5,8 тыс. человек — вошли на территорию Венгрии в течение дня. Немецкий еврокомиссар по энергетике Гюнтер Эттингер призвал изменить конституцию Германии из-за критической ситуации с беженцами, согласно чему можно было ускорить процесс выдачи отказов на предоставление убежища.
11 сентября Дания отказалась принимать участие в распределении квот для размещения 160 тыс. беженцев. Комитет сейма Литвы по европейским делам утвердил решение о том, что Литва в течение двух лет примет 1105 беженцев, но отклонил предлагаемую Брюсселем и Германией постоянную систему квот на прием мигрантов. Human Rights Watch сообщила, что на границе Венгрии и Сербии мигранты и беженцы содержатся в неподобающих условиях в двух миграционных центрах. Власти Венгрии организовали прямые автобусные перевозки для беженцев от границы с Сербией до Австрии.
10 сентября сотрудники правоохранительных органов Дании прекратили препятствовать свободному передвижению нелегальных мигрантов по территории страны. Власти Дании также возобновили железнодорожное сообщение с ФРГ, прерванное из-за наплыва мигрантов. Свыше трех тысяч человек в ночь на четверг перешли границу между Венгрией и Австрией. Глава Министерства внутренних дел Венгрии Шандор Пинтер предложил объявить в стране с 15 сентября кризисную ситуацию в связи с наплывом мигрантов. Австрийские железные дороги временно приостановили международное сообщение с Венгрией, сбившееся в связи с наплывом беженцев, полиция страны перекрыла движение на автомагистрали на границе с Венгрией из-за пеших мигрантов. Президент Румынии Клаус Йоханнис отказался принимать дополнительное число мигрантов, предусмотренное квотами для разных стран ЕС.
9 сентября, согласно официальной статистике, европейские моряки спасли 120 тыс. мигрантов в Средиземном море, в общей сложности в Европу прибыло 500 тыс. беженцев. Глава Еврокомиссии Жан-Клод Юнкер назвал проблему беженцев «первым приоритетом для Евросоюза». ЕК предложила странам ЕС срочно «принять дополнительно 120 тыс. беженцев», находящихся в Греции, Италии и Венгрии.
В тот же день власти Венгрии закрыли автомагистраль М5, соединяющую южные районы страны с Будапештом после того, как несколько сотен мигрантов прорвали полицейских кордон на сербско-венгерской границе, после чего разбили нелегальный лагерь на нейтральной полосе между Сербией и Венгрией. Министр обороны Венгрии Иштван Шимичко выразил готовность направить на границу 3–4 тыс. солдат.
8 сентября около 1 тыс. нелегальных мигрантов прорвали кордон полиции близ центра для размещения беженцев в Рёске на юге Венгрии. 200 из них отказались пройти регистрацию и отправились в Будапешт пешком. Полиция Венгрии начала силой загонять в автобусы беженцев, которые отказывались ехать в миграционный лагерь. Правая партия «Альтернатива для Германии» (AfD) выступила с инициативой закрыть границы для беженцев, пытающихся проникнуть в ФРГ, и запретить подавать заявление на статус беженца мигрантам, уже находящимся на территории Германии.
В тот же день официальный представитель Управления верховного комиссара ООН по делам беженцев Мелисса Флеминг предложила создать в Европе систему гарантированного размещения беженцев. Канцлер Германии Ангела Меркель и премьер-министр Швеции Стефан Лёвен также высказали мнение, что ни одна страна Европейского союза не должна уклоняться от обязанности принимать на своей территории мигрантов. Канцлер Австрии Вернер Файман заявил, что нежелание принимать беженцев должно иметь финансовые последствия для стран-членов Евросоюза. Испанская гражданская гвардия обнаружила в Средиземном море, недалеко от берегов Сицилии, лодку, на борту которой находились около 300 иммигрантов. Варшавская прокуратура начала проверку по факту появления в интернете призывов отправить беженцев из Сирии в концлагерь Аушвиц-Биркенау в Освенциме.
7 сентября верховный комиссар ООН по делам беженцев Антониу Гутерреш призвал решать проблему беженцев путем политического урегулирования военного конфликта в Сирии. Глава Европарламента Мартин Шульц на открытии сентябрьской парламентской сессии в Страсбурге призвал выработать единую политику предоставления приюта беженцам.
6 сентября канцлер Австрии Вернер Файман предложил провести внеочередной саммит стран — членов ЕС, нацеленный на поиски решения миграционного кризиса в Европе. За выходные дни в Мюнхен прибыли более 8 тыс. беженцев. В Швеции прошел массовый митинг в поддержку приезжих.
5 сентября власти Австрии выделили два пассажирских поезда для проезда сирийских беженцев, добравшихся к австрийско-венгерской границе на автобусах. Ангела Меркель назвала преодоление миграционного кризиса национальной задачей Германии.
4 сентября в Германии в результате пожара в центре для беженцев пострадали пять человек. Международный олимпийский комитет выделил $2 млн на поддержку беженцев. Несколько сотен мигрантов покинули вокзал Келети в Будапеште и отправились в сторону Австрии пешком.
3 сентября полиция вновь запустила мигрантов на вокзал в Будапеште. Пущенный для них оттуда в сторону Вены поезд был остановлен в Бичке, а пассажиры направлены в спецлагерь для беженцев. Канцлер ФРГ Ангела Меркель предложила ввести квоты на распределение беженцев для стран ЕС.
2 сентября беженцы устроили сидячую забастовку перед вокзалом в Будапеште в связи с полицейскими зачистками и невозможностью уехать в Вену. В Австрии обнаружили еще один фургон с сирийскими беженцами. Чехия перестала размещать в лагерях сирийских беженцев, ранее просивших убежища в Венгрии.
1 сентября власти Венгрии временно закрыли границы для беженцев из Сирии. Австрия, в свою очередь, ужесточила пограничный контроль. Активисты из Сербии и Венгрии перерезали пограничное ограждение из колючей проволоки, призывая гуманно относиться к беженцам.
30 августа папа римский заявил, что преступления против беженцев оскорбляют все человечество.
27 августа в Венгрии установлен новый рекорд по числу мигрантов, прибывших в страну за один день — 3241 человек. Австрийская полиция обнаружила грузовик с телами примерно 70 беженцев, задохнувшихся в его кузове.
26 августа глава МИД Италии Паоло Джентилони призвал изменить правила приема мигрантов. Германия выделила дополнительные €500 млн для поддержки беженцев. В Лейпциге неизвестный поджег здание, в котором местные власти собирались разместить беженцев. Венгерская полиция применила слезоточивый газ против мигрантов во время беспорядков у регистрационного центра.
25 августа Болгария направила бронетехнику для усиления четырех КПП на границе с Македонией из-за большого наплыва нелегальных мигрантов. Германия приостановила действие единого миграционного законодательства ЕС в отношении беженцев. Сотрудники немецкой миграционной службы получили распоряжение рассматривать заявки беженцев из Сирии, даже если они нарушают нормы принятой в ЕС Дублинской конвенции 1990 года. Согласно этому документу, беженцам грозит депортация, если они подают заявку на предоставление убежища более чем в одной из стран—членов ЕС.
24 августа группа нелегальных мигрантов, пытавшихся прорваться из Франции в Великобританию, заблокировала движение поезда компании Eurostar в туннеле под Ла-Маншем. В окрестностях Кале к тому моменту осели около 5 тыс. беженцев из стран Ближнего Востока и Северной Африки.
