5 сентября 1992 года Россия и Турция заключили договор о научно-техническом сотрудничестве, согласно которому осуществляются двусторонние научные проекты, обмен учеными, научно-технической информацией и документацией, проводятся научные мероприятия. РАН осуществляет контакты с турецкими коллегами с сентября 1995 года, когда было подписано соглашение о сотрудничестве со Стамбульским университетом. С 2011 года Российский фонд фундаментальных исследований проводил совместные конкурсы с Советом по научным и технологическим исследованиям Турции (TUBITAK) по финансовой поддержке проектов ученых двух стран.
В России действует ряд турецких научно-образовательных центров, занимающихся организацией двусторонних обменов, подготовкой тюркологов, проведением круглых столов, конференций, языковых курсов. Одним из крупнейших является открытый в 2000 году на базе РГГУ Российско-турецкий учебно-научный центр. С 2012 года в Казани действует Центр изучения Турции имени Юнуса Эмре. До своего закрытия 30 ноября 2015 года в Москве работал также Российско-турецкий научный центр при Всероссийской библиотеке иностранной литературы. В феврале 2012 года в Российской государственной библиотеке (РГБ) открылся "Центр турецких исследований" — читальный зал, сформированный из книг Министерства культуры и туризма Турции. В том же году был запущен проект "Библиотека-побратим" по сотрудничеству РГБ со стамбульской государственной библиотекой "Беязыт". С февраля 2014 года Российский центр науки и культуры действует в Анкаре.
По данным Минобрнауки РФ, в программах двустороннего обмена с учебными заведениями Турции участвовало 44 российских вуза, в том числе столичные МГЛУ, РГГУ, МГУ, НИУ ВШЭ, МИФИ, а также ряд вузов в Татарстане, Туве, Хакасии, Башкирии, Якутии и на Алтае. В настоящий момент в Турции по обмену учится около 100 российских студентов. В 123 российских вузах, в том числе на коммерческой основе, обучается 1030 граждан Турции.