В 2000 году авариями закончились запуск ракеты-носителя (РН) «Космос-3М» с американским спутником QuickBird-1, застрахованным на $265 млн, и запуск РН «Циклон-3» с шестью космическими аппаратами. Частично успешным стал запуск «Союза-У» с макетом спутника.
В 2002 году неудачей завершился запуск РН «Союз-У» с аппаратом «Фотон-М». Размер ущерба не сообщался. Аварийным также стал пуск «Протона-К», не сумевшего вывести на целевую орбиту европейский спутник Astra 1K. Космический аппарат был застрахован на $217 млн.
В 2004 году аварийным оказался запуск РН «Циклон-3» с украинским спутником «Сич-1М» и микроспутником КС5 МФ-2. Сумма ущерба не сообщалась.
В 2005 году неудачно закончились запуски РН «Молния-М» с военным спутником связи «Молния-3К», РН «Волна» со спутником «Космос-1», РН «Рокот» с европейским спутником CryoSat. Финансовые потери из-за аварий и последовавших за ними вынужденных перерывов в пусках превысили $200 млн.
В 2006 году ракете-носителю «Протон-М» не удалось доставить на заданную орбиту арабский спутник связи ArabSat-4A. Из-за аварии РН «Днепр» было потеряно 18 спутников. Суммы ущерба не сообщались.
В 2007 году из-за отказа рулевых машин второй ступени упал «Протон-М» с японским спутником связи JCSat-11. При аварии в землю попало высокотоксичное топливо, власти Казахстана оценили ущерб более чем в $8 млн.
В 2008 году РН «Протон-М» не вывела на орбиту американский спутник связи AMC-14. Сумма ущерба не сообщалась.
В 2009 году РН «Союз-2.1а» вывела спутник «Меридиан-2» на нерасчетную орбиту, запуск был признан частично успешным. В том же году на коллегии Роскосмоса было объявлено о потере спутника «Персона», с помощью которого военные могли впервые с 2001 года получить оперативные снимки Земли. Аппарат вышел на орбиту 26 июля 2008 года, но не заработал.
В 2010 году неудачей закончился запуск РН «Протон-М», в результате чего три аппарата ГЛОНАСС-М упали в Тихий океан. Ущерб оценивался в 2,5 млрд руб.
2011 год стал рекордным по количеству неудачных запусков: аварийными или частично успешными признаны пять из 32. Были потеряны спутник военного назначения «Гео-ИК-2», спутники «Экспресс-АМ4», «Меридиан», космический грузовик «Прогресс М-12М» и аппарат «Фобос-Грунт». Ущерб от аварий превысил 18 млрд руб.
В 2012 году РН «Протон-М» не смогла вывести на расчетную орбиту спутники связи «Экспресс-МД2» и «Телком-3». Ущерб составил 6 млрд руб. Кроме того, из-за проблем с разгонным блоком «Бриз-М» не удалось штатно вывести на расчетную орбиту спутник «Ямал-402». Ущерб оценили в €73 млн.
В 2013 году завершился аварией запуск РН «Зенит-3SL» с американским спутником Intelstat-27. Частично успешным стал запуск РН «Рокот» с тремя космическими аппаратами «Родник». Еще одна крупная авария произошла при запуске РН «Протон-М» с тремя космическими аппаратами ГЛОНАСС-М. Ущерб превысил 4 млрд руб.
В мае 2014 года спутник связи «Экспресс-АМ4Р» и ракета-носитель «Протон-М» сгорели в плотных слоях из-за отказа рулевого двигателя третьей ступени. Они были застрахованы на 7,8 млрд руб. Кроме того, европейские навигационные спутники Galileo, запущенные в августе с космодрома Куру при помощи ракеты-носителя «Союз-СТ-Б» с разгонным блоком «Фрегат-МТ», вышли на нерасчетную орбиту.
В апреле 2015 года грузовой транспортный корабль «Прогресс М-27М» после старта с космодрома Байконур вышел на 30 км выше расчетной орбиты и впоследствии сгорел в плотных слоях атмосферы. Ущерб оценили в 5 млрд руб. В мае аварией завершился запуск РН «Протон-М» с мексиканским спутником MexSat-1. Кроме того, в июле корабль «Союз ТМА-17М» пристыковался к МКС с нераскрывшейся солнечной батареей, а в декабре был потерян новейший спутник дистанционного зондирования Земли «Канопус-СТ».