До 2006 года Андрей Бельянинов работал в структурах, связанных с экспортом вооружений,— в частности, в 1999 году был заместителем гендиректора "Промэкспорта" (компания занималась поставкой оружия из наличия Минобороны РФ) и в 2000-2004 годах — гендиректором "Рособоронэкспорта" (единственный поставщик финальной военной продукции за рубеж). По словам бывшего сотрудника спецслужб, в начале 2000-х доверие к Андрею Бельянинову со стороны политического руководства ввиду его давнего знакомства с Владимиром Путиным было "крайне велико", однако всю работу по выстраиванию системы военно-технического сотрудничества (ВТС) вели другие люди: в частности, первый заместитель "Рособоронэкспорта" Сергей Чемезов и вице-премьер Илья Клебанов. Выручка от оружейных контрактов при Андрее Бельянинове стабильно росла: $3,2 млрд — в 2001 году, $4,2 млрд — в 2002-м, $5,1 млрд — в 2003-м. С момента создания "Рособоронэкспорта" его руководство добивалось лишения предприятий права экспорта конечной продукции: компания инициировала проект соответствующего указа президента, однако добиться этого удалось только в 2007 году. В целом же, по словам собеседников "Ъ", причастных к оружейному бизнесу, период 2000-2004 годов запомнится не только становлением системы ВТС, но и аппаратным противостоянием между гендиректором "Рособоронэкспорта" и его первым замом за право управлять оружейным экспортом. Аппаратный вес Сергея Чемезова оказался больше: на его стороне выступил тогдашний министр обороны, а ныне глава президентской администрации Сергей Иванов. В итоге Андрей Бельянинов оказался фактически отстраненным от подписания крупнейших оружейных контрактов с иностранными заказчиками. В 2004 году по решению Владимира Путина был переведен на работу в Федеральную службу по оборонному заказу, где ничем особенным экспертам не запомнился.