Федеральные округа в России во главе с полномочными представителями президента были созданы указом Владимира Путина от 13 мая 2000 года. Всего было образовано семь округов: Центральный, Северо-Западный, Приволжский, Уральский, Сибирский, Дальневосточный и Северо-Кавказский.
Первое и единственное переименование в истории российских федеральных округов произошло 21 июня того же года — Северо-Кавказский федеральный округ был переименован в Южный. Среди причин называлось наличие в составе округа регионов, не причисляемых к Северному Кавказу (таких как Калмыкия, Волгоградская и Астраханская области).
19 января 2010 года указом президента Дмитрия Медведева количество округов было увеличено до восьми — из состава Южного округа выделили Северо-Кавказский, в состав которого вошли Дагестан, Ингушетия, Чечня, Кабардино-Балкария, Карачаево-Черкесия, Северная Осетия и Ставропольский край. Административным центром округа стал Пятигорск.
21 марта 2014 года в связи с присоединением Крыма к России был создан девятый федеральный округ — Крымский. Среди остальных федеральных округов Крымский стал наименьшим по численности населения, размерам территории, а также по количеству входящих в него субъектов (в его состав вошли Республика Крым и город федерального значения Севастополь).
28 июля 2016 года Крымский федеральный округ перестал быть самостоятельной единицей и вошел в состав Южного федерального округа.