16 марта 1994 года в связи с обвинением во взяточничестве от работы был отстранен мэр Владивостока Виктор Черепков. На протяжении всего срока полномочий мэр конфликтовал с губернатором Приморского края Евгением Наздратенко по ключевым вопросам, включая распределение финансирования.
В ноябре того же года дело было прекращено "за отсутствием состава преступления", однако спустя месяц президент Борис Ельцин уволил Виктора Черепкова в связи с "длительным неисполнением своих обязанностей". В августе 1996 года мэр восстановился на работе по решению суда, но в сентябре 1997 года краевая дума в третий раз отстранила Виктора Черепкова "за развал городского хозяйства". Позже и это решение было отменено, окончательно он покинул пост в ноябре 1998-го.
Кроме господина Черепкова фигурантами уголовных дел становились еще четыре мэра Владивостока — Юрий Копылов, Александр Фильков, Владимир Николаев и Игорь Пушкарев. Последний был задержан в июне 2016 года по обвинению в превышении полномочий и коммерческом подкупе. В ряде СМИ отмечалось, что арест мог иметь отношение к его давнему конфликту с губернатором Приморья Владимиром Миклушевским, в ходе которого политики не раз жестко критиковали друг друга.
В октябре 1997 года в газете "Известия" вышла серия публикаций "Мафия и море" о криминальных делах губернатора Евгения Наздратенко и его команды. По данным СМИ, после этого президент Ельцин поручил начальнику главного контрольного управления президента Владимиру Путину разобраться с "рыболовным беспределом". Об итогах проверки не сообщалось.
В 1998 и 2000 годах депутаты заксобрания Приморья вносили предложения о вынесении вотума недоверия господину Наздратенко в связи с энергетическим кризисом в регионе. 6 февраля 2001 года губернатор ушел в отставку после телефонного разговора с Владимиром Путиным.
С 2001 года развивался конфликт между мэром Юрием Копыловым и новым главой региона Сергеем Дарькиным. В 2002 году губернатор предпринял попытку устранить нелояльного мэра — администрация края предложила объединить Владивосток и город-спутник Артем в новое муниципальное образование, что привело бы к новым выборам мэра. Идея не была реализована из-за позиций глав муниципальных образований.
15 мая 2006 года по инициативе спикера Совета федерации Сергея Миронова был отстранен сенатор от администрации Приморского края Игорь Иванов, вскоре покинувший страну. Решение краевые депутаты приняли со второго раза под давлением губернатора Сергея Дарькина. В августе 2007 года Генпрокуратура сообщила, что экс-сенатор был одним из организаторов преступного сообщества.