5 октября 1993 года после разгона Верховного совета с должности главы администрации Новосибирской области за поддержку съезда народных депутатов сняли Виталия Муху. В тот же день на этот пост был назначен глава администрации Новосибирска Иван Индинок. Однако в декабре 1995 года на губернаторских выборах господин Муха во втором туре обошел действующего главу региона (54,04% против 37,24%) и после этого сохранял свой пост до выборов 2000 года, на которых занял третье место, набрав 18% голосов.
С января 2000 по сентябрь 2010 года область возглавлял экс-мэр Новосибирска Виктор Толоконский. В 2009-2010 годах правоохранительные органы возбудили ряд дел в отношении чиновников из окружения главы региона. Уголовному преследованию подверглись вице-губернатор Виктор Гегерт, мэр наукограда Кольцово Николай Красников, советник губернатора по спорту Александр Солодкин и его сын — вице-мэр Новосибирска Александр Солодкин-младший. Один из адвокатов Солодкиных Николай Украинцев заявлял, что следователи требуют от арестованного вице-мэра показаний на губернатора. В апреле 2010 года, выступая на пленарном заседании Госдумы, лидер ЛДПР Владимир Жириновский потребовал отставки господина Толоконского, возложив на него ответственность за криминальную ситуацию в регионе. В августе того же года губернатор не был включен в предвыборный список "Единой России". В сентябре 2010 года господин Толоконский досрочно покинул пост, став полпредом президента в Сибирском федеральном округе. С 12 мая 2014 года руководит Красноярским краем.
После его отставки губернатором области был назначен первый заместитель Василий Юрченко. С конца 2012 года правоохранительные органы расследовали ряд дел по фактам продажи структурами областного правительства недвижимости по заниженной цене. Губернатор проходил по ним свидетелем. 17 марта 2014 года Василий Юрченко был отправлен в отставку в связи с утратой доверия президента. После отставки в отношении него возбудили несколько уголовных дел о превышении полномочий, в декабре 2015 года по одному из них начался судебный процесс. Политики и эксперты отмечали, что отставке губернатора предшествовал конфликт с полпредом Виктором Толоконским. Среди причин назывались кадровая политика господина Юрченко и увольнение из правительства региона ряда чиновников из команды экс-губернатора. В сентябре 2014 года на губернаторских выборах с 65% голосов победил вице-губернатор и экс-мэр Новосибирска Владимир Городецкий.