C июня 1998 по июнь 2010 года Карелию возглавлял Сергей Катанандов. Его досрочной отставке предшествовал ряд скандалов и политических конфликтов в регионе. С 30 августа по 8 сентября 2006 года в карельской Кондопоге происходили беспорядки на межэтнической почве. В октябре Владимир Путин уволил ряд высокопоставленных региональных силовиков и раскритиковал во время прямой линии главу республики. Президент был недоволен, в частности, тем, что не смог дозвониться до губернатора, находившегося в отпуске.
14 ноября того же года парламент Карелии принял инициированный губернатором законопроект о роспуске горсовета Петрозаводска. Верховный суд Карелии подтвердил, что горсовет не привел устав города в соответствие с новой редакцией закона о местном самоуправлении. Ранее депутаты Петросовета не приняли внесенную губернатором поправку об отмене всенародных выборов мэра Петрозаводска. Прямые выборы мэра региональной столицы отменили только в августе 2015-го.
С июля 2010 по май 2012 года должность губернатора Карелии занимал Андрей Нелидов. Он также покинул свой пост досрочно. Среди причин назывались конфликты с региональной элитой и низкие результаты на выборах 2011--2012 годов "Единой России" (32,3%, в среднем по РФ — 49,3%) и Владимира Путина (55,4%, в среднем по РФ — 63,6%). В январе 2013 года господин Нелидов был назначен директором музея-заповедника "Кижи". 24 сентября 2015 года экс-губернатора задержали по подозрению в получении взятки в 500 тыс. руб. В настоящее время он находится под арестом.
Александр Худилайнен руководит регионом с мая 2012 года. В сентябре 2013 года мэром Петрозаводска при поддержке партии "Яблоко" была избрана Галина Ширшина, получившая 41,9% голосов (на 14,7% больше, чем у кандидата от "Единой России"). С тех пор между губернатором-единороссом и оппозиционным мэром развивался конфликт. В ноябре 2014 года госпожа Ширшина обвинила губернатора в инициировании дела в отношении ее зама Евгении Сухоруковой. В ноябре 2015 года вице-мэра приговорили за превышение должностных полномочий к трем годам условно. Мэр заявляла, что губернатор "не может выстроить нормальные рабочие отношения" с администрацией города. 25 декабря 2015 года депутаты горсовета Петрозаводска проголосовали за отставку мэра по причине "неисполнения полномочий" в течение трех месяцев.
18 февраля 2016 года господин Худилайнен отправил в отставку правительство Карелии. Накануне Владимир Путин объявил ему выговор из-за срыва сроков по переселению граждан из аварийного жилья. В рейтинге эффективности губернаторов, составленном Фондом развития гражданского общества в июне, губернатор занял последнее, 85-е место.