Якунин Анатолий Иванович родился 11 февраля 1964 года в селе Кривцово-Плота Должанского района Орловской области. Окончил Академию МВД, затем Академию госслужбы.
После демобилизации из армии в середине 1980-х начал карьеру в Должанском РОВД участковым инспектором по обслуживанию сельской местности, затем работал следователем. В 1991 году стал заместителем начальника, в 1994 году — начальником Должанского РОВД, в 1999 году — начальником Ливенского ГРОВД в Орловской области. В 2002 году возглавил областное управление по борьбе с организованной преступностью, в 2005 году занял пост первого заместителя начальника орловского УВД — начальника криминальной милиции. С сентября 2006 года исполнял обязанности начальника орловского УВД, пока в январе 2007 года на этот пост не был назначен нынешний глава МВД Владимир Колокольцев. С мая 2008 года — первый замначальника ГУВД по Воронежской области — начальник криминальной милиции. В июне 2010 года получил должность начальника УВД по Новгородской области. 2 июня 2012 года был назначен главой ГУ МВД по Москве.
Генерал-лейтенант полиции. Награжден медалью "За отличие в охране общественного порядка" и другими ведомственными наградами.