«Роснефть» изначально на 100% принадлежала государству в лице Минимущества. Компания владела долями в восьми предприятиях по разведке и добыче нефти и газа, а также в трех НПЗ. В начале 2000-х «Роснефть» вложила около $500 млн, чтобы консолидировать акции своих дочерних структур.

В 2003 году на встрече Российского союза промышленников и предпринимателей глава ЮКОСа Михаил Ходорковский пожаловался президенту РФ Владимиру Путину на завышенную стоимость сделки по покупке 100% акций «Северной нефти», обвинив руководство «Роснефти» в коррупции. Осенью началось «дело ЮКОСа». Спустя два года в интервью «Ведомостям» господин Ходорковский назовет Игоря Сечина «организатором и мотором» уголовного преследования.

В феврале 2004 года Игорь Сечин был впервые выдвинут в совет директоров «Роснефти», а уже летом возглавил его, при этом сохранив пост в администрации президента.

Тем временем правительство задумало масштабную реформу отрасли с помощью присоединения «Роснефти» к «Газпрому». Для сделки «Роснефть» и эквивалентные ей 10,7% акций «Газпрома» планировалось передать госкомпании «Роснефтегаз». Предполагалось, что государство в результате сделки увеличит долю в «Газпроме» до контрольной, а взамен передаст «Газпрому» 100% акций «Роснефти». Но сделку так и не удалось провести — «Роснефть» получила крупнейший актив попавшего в опалу ЮКОСа («Юганскнефтегаз»), что привело к существенному увеличению стоимости компании.

«Роснефть» приобрела у «Интерроса» 25,94% «Верхнечонскнефтегаза» за $230 млн, но контрольный пакет компании остался у ТНК-BP. По итогам года после присоединения части активов ЮКОСа «Роснефть» стала третьей по объемам добычи нефти в стране. При этом «Роснефтегаз», подконтрольный Росимуществу, стал обладателем 100% минус одна акция «Роснефти».

«Роснефть» провела крупнейшее IPO в истории России на $10,7 млрд, разместив бумаги в Москве и Лондоне. Доля участия государства в компании сократилась до 75,2%, а вырученные средства пошли на погашение кредитов и покупку бывших активов ЮКОСа. Если трактовать размещение акций как приватизацию компании, то средства от IPO должны были пополнить государственный бюджет, однако «Роснефть» свою принадлежность к госкомпаниям отвергала. Из-за этого экс-советник президента Андрей Илларионов назвал IPO «Роснефти» «аферой года».

В 2006 году «Роснефть» также приобрела контрольный пакет в «Удмуртнефти» (разрабатывала более 20 месторождений), которую ранее купила за $3 млрд китайская Sinopec у ТНК-BP.

Продолжив консолидацию бывших активов ЮКОСа, «Роснефть» стала крупнейшей по объемам добычи нефтекомпанией России. На аукционе за $6,8 млрд компания приобрела два НПЗ, сети АЗС и ряд добычных предприятий, включая «Томскнефть», половина которой в конце года была продана «Газпромнефти».

После выборов президента России Игорь Сечин переходит в правительство на позицию вице-премьера и отвечает за деятельность российского ТЭКа. При этом он сохраняет свой пост главы совета директоров «Роснефти». Из-за мирового финансового кризиса, обрушившего цены на нефть, господин Сечин вел переговоры со странами ОПЕК о возможности координации добычи нефти. Однако в итоге Россия не присоединилась к согласованному организацией сокращению добычи.

Завершается строительство первой очереди нефтепровода Восточная Сибирь—Тихий океан, по которому «Роснефть» напрямую стала поставлять нефть в Китай. Средства на строительство нефтепровода и на разработку месторождений Восточной Сибири (прежде всего Ванкорского) предоставила китайская госкомпания CNPC, выдав «Транснефти» и «Роснефти» кредиты на $10 млрд и $15 млрд соответственно. Российские компании гарантировали годовые поставки 15 млн тонн нефти в Китай в течение 20 лет. Игорь Сечин также пытался добиться для «Роснефти» разрешения поставлять газ в Китай в обход монополии «Газпрома».

«Роснефть» хотела вступить в стратегический альянс с британской BP, который предполагал глобальный обмен активами и совместную работу в Арктике, но сделка была заблокирована российскими акционерами ТНК-BP. В этом же году «Роснефть» впервые предложила Exxon и Chevron доли в проектах на российском шельфе.

«Роснефть» подписала с американской компаний Exxon соглашение о стратегическом партнерстве по работе на шельфе Арктики в обмен на доли в проектах в Северной Америке. За этим соглашением также последовали договоренности с норвежской Statoil и итальянской Eni. В течение года «Роснефть» вместе с «Газпромом» продолжили получение новых лицензий на арктический шельф, который по закону недоступен для частных компаний.

После победы Владимира Путина на президентских выборах Игорь Сечин покидает правительство. Он получает должность президента «Роснефти», а также назначается ответственным секретарем президентской комиссии по ТЭК и экологической безопасности.

«Роснефть» согласовывает с BP стратегическую сделку, обсуждение которой продолжилось после срыва партнерства в 2010 году. «Роснефть» выкупает ТНК-ВР у британской компании и российских инвесторов (консорциума AAR) за $55 млрд. Доля ВР частично оплачивается 12,84% акций «Роснефти». Кроме того, ВР выкупает еще 5,66% акций «Роснефти» у «Роснефтегаза», тем самым став крупнейшим миноритарием компании с долей 19,75%. Денежная часть сделки оплачивалась «Роснефтью», в основном кредитными средствами, из-за чего долг компании резко вырос.

После покупки ТНК-ВР «Роснефть» становится крупнейшей публичной компанией по объемам добычи нефти не только в России, но и в мире. Для погашения взятых на приобретение актива кредитов «Роснефть» в 2013 году привлекла $45 млрд в виде авансов по поставкам нефти.

«Роснефть» оказалась под финансовыми и технологическими санкциями США, персональные санкции были введены и против Игоря Сечина. Из-за этих обстоятельств компания фактически приостановила свои проекты на шельфе с иностранными партнерами, а падение цен на нефть заставило «Роснефть» просить средства из Фонда национального благосостояния. В то же время правительство внесло 19,5% акций компании в план приватизации.

«Роснефть» не смогла получить средства из Фонда национального благосостояния и стала продавать миноритарные доли в своих месторождениях. Британской ВР были переданы 20% в проекте Таас-Юрях за $750 млн. Кроме того, стартовали переговоры с индийскими инвесторами о вхождении в Ванкорский проект (сделка была заключена в 2016 году).

«Роснефть» покупает контрольный пакет «Башнефти» у государства за 330 млрд руб., что, согласно оценке экспертов компании, позволит увеличить объемы добычи и переработки нефти на 10% и 20% соответственно.

Кроме того, «Роснефть» привлекает консорциум катарского фонда QIA и швейцарского трейдера Glencore к покупке 19,5% собственных акций. Сделка оценивалась примерно в 700 млрд руб. (около 10 млрд евро), при этом лишь 2,5 млрд евро инвесторы заплатили из собственных средств.

«Роснефть» уже после покупки контрольного пакета в «Башнефти» подала иск к его бывшему владельцу — АФК «Система» Владимира Евтушенкова — обвинив его в выводе активов. В итоге по мировому соглашению «Система» заплатила «Роснефти» 100 млрд руб.

«Роснефть» активно совершала покупки на международном рынке, приобретя 49% в Essar Oil (Nayara Energy), крупной индийской нефтеперерабатывающей компании, за $3,9 млрд. «Роснефть» также купила 30% в египетском газовом проекте Zohr у итальянской Eni за $1,1 млрд.

Структура акционеров «Роснефти» вновь меняется. Изначально предполагалось, что 14,2% компании выкупит китайский концерн CEFC, в результате чего Glencore полностью продаст свою долю, а пакет QIA сократится. Однако CEFC практически перестал существовать после ареста своего основателя Е Цзяньмина. В итоге ситуацию спас Катар — QIA за €3,7 млрд выкупил почти всю долю Glencore, нарастив пакет акций «Роснефти» до 18,93%. У Glencore осталось 0,57%.

«Роснефть» выступает против продления сделки с ОПЕК+ по сокращению добычи нефти, считая, что в результате Россия теряет долю на мировом рынке. Параллельно компания продвигает новый мегапроект «Восток ойл», который предполагает разработку участков на Таймыре совместно с Пайяхским месторождением «Нефтегазхолдинга» Эдуарда Худайнатова. «Роснефть» получает для этого проекта налоговые льготы, однако ей пока не удалось привлечь в него иностранных инвесторов, несмотря на переговоры с BP и индийскими компаниями.