Основан в декабре 1991 года Евгением Метителом как Коммерческий инновационный банк "Аист". В 2006 году сменил владельцев и был переименован в "Интеркоммерц". Собственниками банка напрямую или через российские компании стали 13 граждан РФ, крупнейший акционер — Михаил Малов (15,01%). В 2010 году к "Интеркоммерцу" был присоединен Евразбанк. В 2014 году уставный капитал банка вырос до 1,6 млрд руб. Председателем правления банка был Александр Бугаевский, ранее работавший в руководстве Альфа-банка, президентом и главой совета директоров — Павел Крыжановский.
По данным на 1 января 2016 года, объем средств физлиц в банке составлял 68,4 млрд руб. "Интеркоммерц" занимал 67-е место по активам (102 млрд руб.). По данным СМИ, среди клиентов были "Транснефть", которая держала в банке 6,6 млрд руб., ФГУП "Госкорпорация по организации воздушного движения" (3,8 млрд руб.), дочерние компании "Оборонсервиса" ООО "Агропром" и ООО "Оборонлогистика" — 1,1 млрд и 885,8 млн руб. соответственно, а также Внешэкономбанк и Федеральная таможенная служба.
В январе 2016 года банк приостановил проведение платежей и выдачу средств вкладчикам, в "Интеркоммерце" была назначена временная администрация. 8 февраля ЦБ отозвал лицензию у банка из-за полной утраты собственных средств, а также из-за участия в проведении сомнительных операций. Разница между обязательствами и величиной активов составила 65,2 млрд руб. В апреле 2016 года Арбитражный суд Москвы признал банк банкротом.