4 октября 2001 года самолет Ту-154 авиакомпании "Сибирь", выполнявший рейс из Тель-Авива в Новосибирск, упал в Черное море. На борту находились 78 человек (66 пассажиров, из них 51 израильтянин и 27 граждан РФ, и 12 членов экипажа), никто не выжил. В тот же день Генпрокуратура России возбудила дело по статье "терроризм". При этом сразу же начала рассматриваться версия, что Ту-154 был сбит ракетой, запущенной в ходе учений ПВО Украины в Крыму. Киев заявил, что украинские ПВО не причастны к катастрофе.
11 октября того же года секретарь Совета безопасности России Владимир Рушайло заявил, что на найденных фрагментах самолета "обнаружены пробоины". 12 октября секретарь Совета национальной безопасности и обороны Украины Евгений Марчук сообщил, что, согласно предварительному выводу Государственной комиссии, самолет был сбит украинской ракетой С-200. В тот же день Киев создал межведомственную комиссию по расследованию обстоятельств катастрофы.
20 декабря 2001 года Генпрокуратура РФ передала украинским коллегам уголовное дело вместе с вещественными доказательствами в виде фрагментов обшивки корпуса, посеченных осколками взорвавшейся ракеты С-200, и личных вещей погибших, собранных на месте крушения. В России дело было прекращено.
20 ноября 2003 года Украина и Израиль согласовали компенсации родственникам жертв катастрофы. По документу, Киев не признавал своей вины, а родственники пассажиров в обмен на выплаты ($200 тыс. за каждого погибшего) отказывались от судебных исков.
26 декабря 2003 года главы МИД РФ и Украины подписали соглашение о компенсациях российским родственникам погибших. Выплаты также составили $200 тыс.
В сентябре 2007 года украинская прокуратура закрыла уголовное дело, придя к выводу, что расследование не установило данных, достоверно указывающих на то, что Ту-154 был сбит ракетой.