Государственная программа «Социально-экономическое развитие Дальнего Востока и Байкальского региона» неоднократно подвергалась секвестру с момента принятия в 2014 году. Так, на 2015–2020 годы на макрорегион изначально предполагалось выделить 346 млрд руб., но сумму урезали до 277,7 млрд руб., увеличив при этом срок до 2025 года. В 2015 году объем финансирования составил 25,5 млрд руб. вместо запланированных 45,4 млрд руб. В текущем году вместо прописанных 77,4 млрд руб. выделяется, по разным оценкам, от 46,6 млрд руб. до 37,3 млрд руб.
Согласно проекту закона «О федеральном бюджете на 2017 год и на плановый период 2018 и 2019 годов», который внесен в Госдуму правительством РФ 28 октября, сокращение будет продолжено, и ожидается уже в пределах 50%. Предлагается урезать вложения с запланированных ранее 46,85 млрд руб. в год до 17,86 млрд руб. в 2017 году, 20,89 млрд руб. — в 2018-м, и 20,54 млрд руб. — в 2019-м. В обоснование секвестра правительство выдвинуло тезисы о неэффективности самой программы и работы тех, кто ее реализует. Так, в СМИ приводились данные июльского сводного доклада правительству РФ, по которым в 2015 году при освоении 95% выделенных средств эффективность составила 45,5%. Вместе с тем, 14 ноября глава правительства Дмитрий Медведев заявил, что с 2017 года ФЦП и госпрограммы будут дополнены спецразделами по Дальнему Востоку. Позже в Минвостокразвития сообщили, что разделы пяти программ — развития транспорта, здравоохранения, культуры и туризма, судостроения и авиастроения — предполагают финансирование на сумму 771 млрд руб.