13 июля 2005 года послом РФ в Белоруссии был назначен экс-глава Саратовской области Дмитрий Аяцков. 19 июля на пресс-конференции он, в частности, заявил: "Трудно сломать режим Лукашенко. Он крепко стоит на ногах". Эти слова вызвали резкое недовольство президента Белоруссии. До Минска Дмитрий Аяцков не доехал, новым послом позже стал Александр Суриков.
10 февраля 2006 года Россия перевела ввоз сахара из Белоруссии на единственный таможенный пост с обязательной проверкой на предмет реэкспорта. В ответ Минск остановил импорт российских кондитерских изделий и алкоголя. В начале 2007 года ограничения сняли, сократив максимальный объем поставок белорусского сахара вдвое.
8 января 2007 года Россия прекратила прокачку нефти через Белоруссию по нефтепроводу "Дружба". Поводом стало введение задним числом платы на транзит ($45 за тонну) и незаконный отбор нефти. Поставки возобновились 10 января. Минск отменил транзитный сбор, а Москва сократила пошлину для Белоруссии со $180 до $53 за тонну.
В июне 2009 года Роспотребнадзор запретил ввоз 500 наименований белорусских молочных продуктов из-за несоответствия новому техрегламенту. В ответ Александр Лукашенко бойкотировал саммит ОДКБ в Москве. Спустя две недели стороны договорились о возобновлении поставок.
23 июня 2010 года "Газпром" на 60% снизил поставки газа Белоруссии из-за долга в $187 млн. Минск выставил ответный счет за транзит на $260 млн и ограничил прокачку в Литву. На следующий день поставки возобновились. Белоруссия выплатила долг, а "Газпром" согласился увеличить плату за транзит.
В 2012 году Минск отменил план приватизации, утвержденный при одобрении ему антикризисного кредита ЕврАзЭС на $3 млрд. Посол Александр Суриков пригрозил, что теперь Белоруссия рискует потерять рынок РФ. В ответ господин Лукашенко заявил, что страна "сама будет решать, что, когда, по какой цене и на каких условиях приватизировать".
7 сентября 2015 года правительство РФ направило президенту предложение о подписании соглашения о размещении авиабазы в Белоруссии. Владимир Путин поручил Минобороны провести переговоры с белорусским МИДом, однако 6 октября Александр Лукашенко высказался против проекта, отметив, что "речи об этом никогда не велось" и что он "ничего об этом не знает".
28 января 2017 года вице-премьер РФ Аркадий Дворкович заявил, что Москва продолжает настаивать на погашении Минском долга за газ. "Ведем переговоры. Прогресса нет",— заявил он. Вице-премьер отметил, что сумма долга достигла около $550 млн. Ранее в январе стало известно, что из-за газового долга Россия сократит квартальные поставки нефти в Белоруссию с 4,5 млн до 4 млн тонн.