Павел Грачев (1992-1996)
Генерал армии
Павел Грачев стал министром, продемонстрировав в августе 1991 года лояльность российскому руководству. Поначалу сам признавался в отсутствии опыта, необходимого для руководства армией, поэтому окружил себя опытными и авторитетным заместителями, в основном генералами-"афганцами". Благодаря близким личным отношениям с Борисом Ельциным, который, несмотря на отсутствие реальной военной реформы и неудачи в Чечне, назвал Грачева лучшим министром обороны последних десятилетий, к 1995 году установил полный контроль над армией. Однако в 1996 году, после первого тура президентских выборов, был отправлен в отставку по требованию назначенного секретарем Совета безопасности Александра Лебедя.
Игорь Родионов (1996-1997)
Генерал-полковник
Игорь Родионов семь лет возглавлял Академию Генерального штаба, а потом был назначен министром по протекции Александра Лебедя. Стать полноценным руководителем военного ведомства Родионову не удалось: против него объединились старая политическая элита, опасавшаяся усиления влияния Лебедя, и генералитет, который министр настроил против себя, инициировав возбуждение уголовных дел в отношении нескольких высокопоставленных военных. Но главное, Родионов так и не смог приспособиться к новым экономическим реалиям и категорически отказывался реформировать армию без многократного увеличения расходов на оборону. За что и был уволен в мае 1997 года, не проработав министром и года.
Игорь Сергеев (1997-2001)
Маршал РФ
Став министром, Игорь Сергеев в считанные недели подготовил программу реформирования армии и начал ее осуществление, за что удостоился похвалы президента и звания маршала РФ (первый и пока единственный в российской армии). Программой, однако, остался недоволен Генштаб: основные средства направлялись на развитие РВСН, которыми Сергеев командовал до назначения министром. К концу 2000 года Генштаб подготовил альтернативный план, предусматривавший резкое усиление сил общего назначения и понижение роли РВСН, а Совет безопасности вскоре одобрил его. Несогласного с планом министра перевели на почетную должность помощника президента по вопросам стратегической стабильности.
Сергей Иванов (с 2001)
Генерал-лейтенант
Назначение в апреле 2001 года министром обороны одного из ближайших соратников президента стало свидетельством недоверия Владимира Путина к военным. Поскольку многолетние структурные преобразования и количественные сокращения так и не привели к качественному улучшению состояния вооруженных сил, президент ввел в военную среду человека со стороны, который к тому же лично принимал участие в разработке концепции строительства вооруженных сил на посту секретаря Совета безопасности. Впрочем, Сергей Иванов быстро понял, что очередные сокращения и реорганизации должного эффекта не дадут, и предложил провести эксперимент по переводу армии на контрактный принцип комплектования.