22 июня 1994 года Россия и НАТО подписали рамочный документ программы "Партнерство ради мира".
31 мая 1995 года была введена Программа индивидуального партнерства России и НАТО.27 мая 1997 года в Париже президент РФ Борис Ельцин, генеральный секретарь НАТО Хавьер Солана (Javier Solana) и представители 16 стран--членов НАТО подписали Основополагающий акт о взаимных отношениях, сотрудничестве и безопасности между РФ и НАТО. В этом документе руководство альянса гарантировало неразмещение ядерного оружия на территории новых членов НАТО. Акт также предусматривал создание постоянного совместного совета НАТО--Россия и постоянного совместного военного комитета НАТО--Россия.
4 декабря 1997 года в Брюсселе впервые за всю историю альянса прошла встреча руководства НАТО с начальником Генштаба ВС России генерал-полковником Анатолием Квашниным.
18 марта 1998 года Россия официально учредила свое постоянное представительство в НАТО, которое взяло на себя функции обеспечения российских интересов в отношениях с Североатлантическим альянсом.
24 марта 1999 года, после начала военной операции НАТО на Балканах, президент России отозвал из Брюсселя главного военного представителя РФ при НАТО.
26 марта 1999 года из Москвы были выдворены представитель бюро по контактам НАТО в Москве Алексей Шахтахтинский и советник НАТО по вопросам информации Манфред Диль.
В апреле 1999 года Россия отказалась от участия в юбилейном саммите НАТО в Вашингтоне. Позиция РФ в решении косовской проблемы была однозначной: для операции в Косово должно быть решение СБ ООН, согласие обеих сторон и ОБСЕ.
В сентябре 1999 года возобновилась работа совместного постоянного совета Россия--НАТО.
В феврале 2000 года генеральный секретарь НАТО Джордж Робертсон (George Robertson) совершил рабочий визит в РФ, что стало первым двусторонним контактом на высшем уровне с марта 1999 года
В феврале 2001 года в Москве открылось информационное бюро НАТО.