1993 год. Указом президента Рем Вяхирев назначен председателем правления компании.
1994 год. Глава "Газпрома" становится действительным членом Академии газовых наук.1995 год. Избран почетным профессором Самарского государственного технического университета.
1996 год. Первая потеря части полномочий. Должности председателя совета директоров и председателя правления "Газпрома" разделены. Совет директоров возглавил председатель Госкомимущества Александр Казаков, а Рем Вяхирев сохранил за собой пост председателя правления.
В том же году господин Вяхирев стал доверенным лицом Бориса Ельцина на президентских выборах и председателем совета директоров "Сибнефти".
1997 год. Журнал Forbes включает Рема Вяхирева в рейтинг самых богатых людей мира, оценив его состояние в $1,1 млрд. Год выдался для главы "Газпрома" жарким. Он получил Государственную премию Российской федерации, вошел в состав совета директоров АО "Газпром-медиа" и Промстройбанка, возглавил Европейский деловой конгресс. В конце года он направил в "Сибнефть" письмо с просьбой исключить его из списка кандидатов в новый состав совета директоров "в связи со значительной загруженностью по основному месту работы".
1998 год. Вяхирев вошел в состав попечительского совета банка "Империал" и возглавил наблюдательный совет Промстройбанка. В апреле сделал политически недальновидный шаг — заявил о безусловной поддержке Виктора Черномырдина на президентских выборах 2000 года.
1999 год. Вице-премьер Николай Аксененко и министр Виктор Калюжный начинают кампанию по смене руководства "Газпрома". Рема Вяхирева не дает в обиду глава президентской администрации Александр Волошин.
2000 год. Мелкий акционер "Газпрома" — ЗАО "Специнвестпроект" — в суде добился отмены пункта 37.6 устава компании, который фактически делал Рема Вяхирева ее бессменным руководителем.
30 мая 2001 года. совет директоров "Газпрома" освободил господина Вяхирева от обязанностей председателя правления. Через месяц он был избран председателем совета директоров компании.