Российский фонд фундаментальных исследований (РФФИ) создан указом президента 27 апреля 1992 года. Основная цель фонда — проведение научно-исследовательских работ и оказание поддержки ученым. Российский гуманитарный научный фонд (РГНФ) был создан на базе РФФИ постановлением правительства 8 сентября 1994 года. Целью создания фонда являлось оказание поддержки гуманитарным научным исследованиям. Оба фонда занимаются, среди прочего, выделением грантов, организацией научных семинаров и конференций, международным сотрудничеством. Средства фондов формируются из бюджетных ассигнований, а также из взносов предприятий, учреждений, организаций и граждан, в том числе иностранных юридических и физлиц.
29 февраля 2016 года распоряжением правительства РФФИ и РГНФ были объединены. Зампред правительства РФ Аркадий Дворкович объяснил такое решение необходимостью увеличить число исследований и снизить объем административных затрат фондов.
В 2015 году сумма бюджетных ассигнований РГНФ составила 1,6 млрд руб., РФФИ — почти 11 млрд руб. В 2016 году соответственно — 1,8 млрд и 9,7 млрд руб. Таким образом, в 2016 году суммарное финансирование обоих фондов составило 11,5 млрд руб., что на почти на 1,1 млрд меньше, чем в предыдущем году до объединения. В результате объединения фондов также были сокращены 23 вакансии, по итогам 2016 года в штатном расписании фондов числится 217 сотрудников со средней зарплатой 117,8 тыс. руб.