В 1989 году Сергей Михайлов был арестован во второй раз. Ему, а также Сергею Тимофееву и Виктору Аверину было предъявлено обвинение в вымогательстве денег и машин Volvo у председателя кооператива "Фонд" Вадима Розенбаума. Господин Михайлов пробыл под следствием по обвинению в вымогательстве один год и восемь месяцев, после чего дело против него было прекращено за недоказанностью его вины. Развалу дела способствовало то, что свидетели начали отказываться от ранее данных показаний, а кооператив "Фонд" даже принял решение взять на поруки обвиняемого Михайлова.
В конце 1993 года Сергей Михайлов вновь был задержан. Его проверяли на причастность к убийству Валерия Власова, директора казино "Валери". Подозрения были основаны на оперативной информации о том, что все самые престижные казино Москвы находятся под контролем солнцевской бригады. Но вечером того же дня его отпустили, и он вскоре покинул Россию.В ноябре 1994 года Генпрокуратура и ФСБ провели обыск на квартире у Сергея Михайлова в Солнцеве по уголовному делу о многочисленных эпизодах взяточничества в правоохранительных органах Москвы. В них были вовлечены в качестве дающих взятки "авторитеты" и адвокаты, а в качестве берущих — сотрудники милиции, райпрокуратур и райсудов. Один из обвиняемых во взяткодательстве Виктор Клестов регулярно пользовался номером квартирного телефона Сергея Михайлова, который перед отъездом последнего был переключен на кафе, в котором работал господин Клестов. Это дало прокуратуре повод для проведения обыска в квартире господина Михайлова. Следователи изъяли при обыске помповое ружье, $70 тыс. и два поддельных удостоверения — сотрудника администрации президента России и корреспондента компании CNN. Генпрокуратура возбудила дело о незаконном хранении оружия, которое через два года было прекращено за отсутствием состава преступления, а изъятая сумма возвращена.
В 1995 году Сергей Михайлов стал почетным консулом Коста-Рики в России. Впрочем, МИД РФ не утвердил его в должности. Тогда же, в мае 1995 года, Сергей Михайлов был задержан в Праге на дне рождения у Виктора Аверина, на который, по милицейским данным, съехались более тридцати представителей солнцевской группировки. В тот же день все были отпущены, но господам Михайлову и Аверину чешские власти запретили въезд на территорию страны.
В середине 90-х годов Сергей Михайлов и Виктор Аверин учредили благотворительный фонд "Участие" для помощи церкви, тюрьмам и детдомам. Этот фонд оплатил, в частности, изготовление звонницы из девяти колоколов в церкви села Федосьино (расходы превысили 100 млн неденоминированных рублей). На самом большом колоколе в 75 пудов была оставлена надпись: "От настоятелей церкви, благотворительного фонда 'Участие', фирмы 'СВ-холдинг' (учредителем которой также был Михайлов.— Ъ) и от солнцевской братвы". А в СИЗО "Матросская тишина" фонд "Участие" привез продукты, электротовары и 500 пар джинсов.
15 октября 1996 года Сергей Михайлов был арестован в аэропорту Женевы по подозрению в принадлежности к организованной преступной группировке и в нарушении закона о владении недвижимостью в Швейцарии (покупке дома на подставное лицо). Главное обвинение основывалось на показаниях сотрудника московского РУОПа Николая Упорова и сотрудника ФБР Роберта Левинсона о том, что господин Михайлов — лидер солнцевской организованной преступной группировки. Было арестовано несколько его личных счетов в швейцарских банках. Ожидалось, что в Швейцарию для дачи показаний приедет упомянутый выше предприниматель Вадим Розенбаум, но его убили в Голландии.
В 1997 году к обвиняемому Михайлову в тюрьму Шан-Доллон приехал руководитель следственной бригады Генпрокуратуры по делу об убийстве Владислава Листьева Петр Трибой. Он проверял версию о том, что к гибели тележурналиста причастна солнцевская группировка. Однако господин Михайлов заявил на допросе, что интересов на телевидении у него не было.
В 1998 году, пока продолжалось следствие в Швейцарии, МВД Израиля проинформировало господина Михайлова о лишении его гражданства этой страны.
В декабре 1998 года швейцарский суд признал несостоятельным предъявленное Сергею Михайлову обвинение в том, что он "в 80-х годах создал преступную организацию, известную под названием 'солнцевская', и выступил в качестве ее главаря под кличкой Михась". Оправданный был отпущен на свободу и вернулся в Москву.
В начале 1999 года его пригласили для беседы в Генпрокуратуру в связи с расследованием ею уголовного дела по факту организации солнцевского преступного сообщества.
В октябре 1999 года он стал кандидатом от консервативной партии по одномандатному Таганрогскому округу. Однако пробыв им всего два дня, он был лишен кандидатского статуса, так как не указал в документах, поданных на регистрацию, сведения о наличии греческого гражданства.
В июле 2000 года швейцарский суд удовлетворил иск Сергея Михайлова о взыскании с властей Женевы $530 тыс. упущенной выгоды за двухлетнее пребывание в швейцарской тюрьме.
2001-2002 годы: все страны Шенгенского соглашения, а также США, Венгрия, Латвия и Тунис отказали господину Михайлову во въездных визах. Власти Франции ответили на его запрос, что не пускают его в страну "по соображениям безопасности".
В последний раз имя Сергея Михайлова упоминалось в связи с операцией "Паутина", которую итальянская полиция проводила по делу об отмывании денег русской мафии. Один из свидетелей якобы дал показания, что господин Михайлов легализовал в этой стране крупные денежные суммы. Однако сам бизнесмен это категорически опроверг.
ЕКАТЕРИНА Ъ-ЗАПОДИНСКАЯ