В октябре 2014 года в Москве был арестован бывший начальник ФГУП "Дальспецстрой" (подразделение Спецстроя РФ, занимавшееся строительством космодрома Восточный) Юрий Хризман. Ему было предъявлено обвинение в хищении, совершенном группой лиц в особо крупном размере. По версии следствия, господин Хризман с сообщниками злоупотребил полномочиями при использовании авансов по 11 госконтрактам на цели, не связанные с космодромом. Это повлекло причинение ущерба в 5,2 млрд руб. По этому же делу был задержан бывший бухгалтер "Дальспецстроя" Владимир Ашихмин. Их дело рассматривается в Дальневосточном окружном военном суде.
В апреле 2015 года фигурантом еще одного дела о хищении денег, выделенных на строительство Восточного, стал экс-глава ФГУП "Спецстройсервис" при Спецстрое Андрей Ярцев. Следствие считало, что он похитил 132 млн руб., предназначенных для закупки металлоконструкций. Позже обвинение ему было переквалифицировано с мошенничества на растрату, а сумма ущерба выросла до 1 млрд руб. В июне 2016 года Андрей Ярцев был освобожден из-под стражи, проведя более года под арестом.
В июле 2016 года в Москве по обвинению в мошенничестве был арестован замдиректора Спецстроя Александр Буряков. По версии следствия, он заключил с субподрядчиками договоры на строительство и реконструкцию девяти объектов Минобороны и в ходе строительства похитил более 450 млн руб. Еще одним фигурантом дела о хищениях стал в ноябре 2016 года бывший первый заместитель главы Спецстроя Александр Загорулько. Позднее ему были предъявлены новые обвинения — в получении взяток в виде автомобилей.
В августе 2016 года в Санкт-Петербурге был задержан и арестован начальник ФГУП "Главное управление специального строительства по территории СЗФО при Спецстрое" Александр Шашкин. По версии следствия, за полтора года он получил откаты на сумму более 50 млн руб. от коммерческих организаций, чьи интересы лоббировал при заключении госконтрактов.