В 1999 году был задержан Олег Хоменко, гендиректор московского СУ-802, которое принимало участие в строительстве МКАД. Господин Хоменко обвинялся в хищении 103 млрд неденоминированных рублей по фиктивным контрактам на закупку песка. Следствие также утверждало, что дорожное полотно МКАД на 20 см уже, чем предусмотрено проектом. Экспертиза подтвердила несоблюдение строителями технологических норм и использование некачественных материалов. Сумма ущерба городской казне была оценена в 256 млрд неденоминированных рублей. В июле 2001 года по делу были допрошены первый зампред правительства Москвы Борис Никольский и гендиректор ООО "Организатор" Геннадий Муравин. Последний после допросов заказал независимое геодезическое исследование, которое показало, что МКАД на 4 см шире, чем по проекту. Представители московских властей заявили, что дорога полностью соответствует требованиям ГОСТа.
31 января 2002 года было обнародовано официальное распоряжение мэра Москвы, предписывающее инвесторам воздержаться от заключения договоров с ГУП "Управление экспериментальной застройки" (УЭЗ). Санкции последовали после срыва строителями сроков возведения горнолыжной трассы на Воробьевых горах, на открытие которой мэр приглашал президента Путина. Гендиректор УЭЗ Валерий Силин, комментируя распоряжение мэра, заявил, что свою вину полностью признает.В январе 2002 года следственное управление ГУВД Москвы возбудило уголовное дело по факту вывоза за рубеж $80 млн, выделенных Сбербанком финансово-строительной компании "Кейстоун" на строительство бизнес-центра "Царев сад" площадью 83,5 тыс. кв. м. Следователи утверждали, что деньги осели на счетах подставных фирм в Княжестве Лихтенштейн. Кредитную линию "Кейстоуну" Сбербанк открыл в 1998 году. Проверив платежные документы, по которым "Кейстоун" получал средства, сотрудники ГУБОПа сделали вывод, что компания либо получала деньги за невыполненные работы, либо завышала стоимость работ. Следствие по этому делу продолжается.