11 ноября 1992 года недалеко от Твери вскоре после взлета с высоты 250 м рухнул на землю тяжелый военно-транспортный самолет Ан-22 "Антей". На его борту находились 16 пассажиров и 7 членов экипажа. Все они погибли. Причиной катастрофы стала перегрузка самолета.
14 декабря 1992 года в 20 км от года Ткварчели грузинской ракетой был сбит вертолет Ми-8 ВВС России, перевозивший беженцев из зоны грузино-абхазского конфликта. Упав на склон горы, вертолет сгорел вместе со всеми пассажирами. Погиб 61 человек, в основном женщины и дети.В ночь на 5 августа 1994 года в тяжелых метеоусловиях при заходе на посадку в аэропорт Бода в Забайкалье потерпел катастрофу военно-транспортный самолет Ан-12 ВВС РФ. Погибли все находящиеся на борту — 39 военнослужащих, двое членов их семей и шесть членов экипажа.
6 декабря 1997 года через 20 секунд после взлета из аэропорта Иркутска из-за отказа двигателей рухнул на жилые дома грузовой самолет Ан-124 "Руслан" ВВС России. На борту находились 17 членов экипажа и 6 представителей иркутского авиазавода, сопровождавшие груз — два истребителя Су-27, предназначенные Вьетнаму. Общее число погибших на борту и на земле составило 72 человека.
2 апреля 1999 года в Таджикистане потерпел катастрофу вертолет Ми-8, принадлежавший группе российских пограничных войск. Вертолет упал в реку Пяндж на таджико-афганской границе. Погибли 18 человек.
21 июля 2000 года на военном аэродроме Левашово под Санкт-Петербургом разбился вертолет МИ-8, принадлежавший 8-й воздушной армии ВВС и ПВО. Через четыре минуты после взлета машина упала на землю с высоты 70 м и загорелась. Погибли все находившиеся на борту 19 человек, в том числе члены сборной ВВС РФ по парашютному спорту. По основной версии, причиной произошедшего стала ошибка пилотов.
25 октября 2000 года при заходе на посадку в аэропорт Батуми врезался в гору самолет Ил-18 Министерства обороны РФ. Самолет перевозил военнослужащих, членов их семей и почтовую корреспонденцию для 12-й военной базы группы российских войск в Закавказье. В авиакатастрофе погибли 83 человека.
27 января 2002 года в результате катастрофы транспортного вертолета Ми-8 вблизи станицы Шелковская в Чечне погибли 14 человек, в том числе два генерала МВД РФ. По основной версии, трагедия произошла из-за взрыва внутри вертолета.