Методика расчета рейтинга основана почти на трех десятках показателей. Они делятся на четыре группы. Это показатели качества планирования, например наличие необоснованных остатков субсидий, показатели финансовой устойчивости, в частности объемы просроченной кредиторской и дебиторской задолженности, а также «стратегические» показатели, описывающие в основном уровень зарплаты сотрудников. Критерии из четвертой группы оценивают качество исполнения вузом нормативных правовых актов, но в министерстве отмечают, что расчет последних еще не окончательный. За каждый из показателей вуз получает определенное количество баллов, которые в итоге формируют интегральный индекс в процентах. Если он больше 80%, то уровень финансового менеджмента образовательного учреждения признается «высоким». Выше 60%, но меньше 80% — «удовлетворительным». Менеджмент вузов с индексом ниже 60% получает оценку «неудовлетворительно».