C июня 1998-го по июнь 2010 года Карелию возглавлял Сергей Катанандов. Его досрочной отставке предшествовал ряд скандалов и политических конфликтов в регионе. С 30 августа по 8 сентября 2006 года в карельской Кондопоге происходили беспорядки на межэтнической почве. В октябре Владимир Путин уволил ряд высокопоставленных региональных силовиков и раскритиковал во время прямой линии главу республики. Президент был недоволен, в частности, тем, что не смог дозвониться до губернатора, находившегося в отпуске. В том же месяце республиканский избирком Карелии снял с выборов список «Яблока», обнаружив, что устав партии противоречит избирательному законодательству. В ноябре 2016 года ЕСПЧ признал Россию виновной в нарушении «права на свободные выборы» по делу о снятии «Яблока» с выборов в 2006 году.
С июля 2010-го по май 2012 года должность губернатора Карелии занимал Андрей Нелидов. Он также покинул свой пост досрочно. Среди причин назывались конфликты с региональной элитой и низкие результаты «Единой России» на выборах 2011–2012 годов (32,3%, в среднем по РФ — 49,3%) и Владимира Путина (55,4%, в среднем по РФ — 63,6%). В январе 2013 года господин Нелидов был назначен директором музея-заповедника «Кижи». 24 сентября 2015 года экс-губернатора задержали по подозрению в получении взятки в размере 500 тыс. руб. В настоящее время он находится в СИЗО.
Александр Худилайнен руководил регионом с мая 2012 года по февраль 2017-го. В сентябре 2013 года мэром Петрозаводска при поддержке партии «Яблоко» была избрана Галина Ширшина, получившая 41,9% голосов (на 14,7% больше, чем у кандидата от «Единой России»). С тех пор между губернатором и мэром развивался конфликт. В ноябре 2014 года госпожа Ширшина обвинила губернатора в инициировании дела в отношении ее зама Евгении Сухоруковой. В ноябре 2015 года вице-мэра приговорили за превышение должностных полномочий к трем годам условно. В декабре 2015 года депутаты горсовета Петрозаводска отправили мэра в отставку по причине «неисполнения полномочий» в течение трех месяцев.
В августе 2016 года Петрозаводский городской суд по заявлению партии «Родина» отменил регистрацию на выборы в горсовет списка кандидатов от партии «Яблоко» во главе с госпожой Ширшиной. В качестве причины указывалось неверное оформление документов.