Отчасти сложности развития Малышевского изумрудно-бериллиевого месторождения находились в судебной плоскости. В сообщении «Ростеха» указывается, что «в 90-е годы возникла угроза затопления шахт и их полного разрушения, в 2008 году на федеральном уровне было поддержано ходатайство руководства Свердловской области о переходе рудника к ответственному собственнику». С 2005 года рудник разрабатывало ЗАО «Зелен Камень» (ликвидировано в 2015 году), принадлежавшее канадской Tsar Emerald Corporation, но в 2008 году Минприроды отозвало у компании лицензию за нарушение ее условий. Лицензию вновь выставили на торги в марте 2011 года, которые выиграл Калининградский янтарный комбинат (до июня 2031 года). Но исходя из материалов картотеки арбитражных дел и данных Kartoteka.ru и ЕГРЮЛ, имущество рудника находилось у ООО «Мариинская холдинговая компания» (МХК), которое до 2010 года принадлежало Tsar Emerald Corporation, потом у кипрской Urals Gemstones Ltd, затем у физлица и с 2016 года ликвидируется по решению ФНС. При этом комбинат, выступавший субарендатором имущества рудника у «Зелен Камня» (арендовал у МХК), в апреле 2017 года выиграл в арбитражном суде иск к МХК на 211 млн руб., требуя компенсировать «бремя содержания имущества» МХК в 2009–2011 годах и возместить свои затраты на капитальный и текущий ремонты.
Но не только судебные дела осложняли разработку Малышевского. Как отмечал в 2015 году в интервью «Ведомостям» Виталий Мащицкий, на самом месторождении «очень сложные горно-геологические условия: шахтовый метод добычи, требуются очень серьезные инвестиции в технологии, оборудование и обеспечение безопасности производства». Кроме того, добавлял он, надо наладить не только добычу изумрудов, «но и вернуться к бериллию и другим минералам», при этом «никто вообще много лет не занимался развитием и рынками, а маркетинг тоже требует инвестиций».