В середине декабря 1999 года российские войска начали операцию по уничтожению бандформирований в Грозном. Штурм велся методом "выдавливания", активно применялись авиация и артиллерия, что позволило снизить потери наступавших. В результате к 1 февраля 2000 года бандформирования попытались совершить прорыв из Грозного, но попали на минные поля — в результате среди погибших оказались полевые командиры Леча Дудаев, Хункарпаша Исрапилов и Асламбек Исмаилов, Шамиль Басаев остался без ноги. В ходе штурма Грозного оказалось уничтожено более 1500 боевиков.
Вырвавшийся из Грозного отряд Руслана Гелаева оказался блокирован в селе Комсомольское. Уничтожение этой банды в период с 2 по 15 марта 2000 года стало последней крупной общевойсковой операцией российской армии во второй чеченской войне. В ходе штурма уничтожено около 800 боевиков, несколько сот взято в плен. Сам Гелаев с отрядом примерно в 200 человек бежал из Комсомольского, за что был разжалован из бригадных генералов в рядовые.22 мая 2001 года в районе Шали попал в засаду армейского спецназа и был уничтожен отряд боевиков. Среди убитых оказался глава военной контрразведки Масхадова, участник нападения на Буденновск полевой командир Абу Мовсаев.
С 31 декабря 2001 года по 3 января 2002 года в ходе крупной операции федеральных сил в Курчалоевском районе оказалась разгромлена банда Руслана Чилаева. Было уничтожено порядка 100 бандитов, еще 20 попало в плен. Погиб и сам Чилаев, ранее взявший на себя ответственность за сбитый в Грозном вертолет федеральных сил, на котором летели высокопоставленные офицеры Министерства обороны.
26 сентября 2002 года в районе ингушского селения Галашки был уничтожен отряд боевиков численностью 150 человек под руководством полевого командира Абдул-Малика. Федеральная сторона потеряла 14 военнослужащих убитыми, потери боевиков составили не менее сотни человек. В течение нескольких дней после боя продолжались зачистки окрестностей села с целью поимки разбежавшихся бандитов.