АПР трижды принимала участие в выборах в Государственную думу. Наиболее успешными оказались выборы 1993 года, на которых аграрии набрали 7,99% (21 депутатский мандат). Еще 16 кандидатов-аграриев прошли по одномандатным округам. В итоге была образована аграрная фракция, насчитывающая 55 депутатов.
В 1995 году аграрии не смогли преодолеть 5-процентный барьер, получив поддержку только 3,78% избирателей. По одномандатным округам прошли 20 аграриев, которые вошли в состав Аграрной депутатской группы, сформированной при поддержке КПРФ.В 1999 году АПР пошла на выборы в составе блока "Отечество — Вся Россия". Главным условием участия в этом блоке было создание в новой Думе самостоятельной аграрной депутатской группы. Но поскольку блок ОВР набрал только 13,33% голосов (37 депутатских мандатов), самостоятельную депутатскую группу сторонникам Михаила Лапшина создать не удалось. В то же время прошедшие по одномандатным округам представители левого крыла партии во главе с Николаем Харитоновым при помощи коммунистов сформировали Агропромышленную группу, в которой сегодня состоят 43 депутата.