С 27 октября 1991 года пост премьера был совмещен с постом президента республики, который занимал Джохар Дудаев.
5 июля 1994 года было сформировано пророссийское правительство национального возрождения, которое возглавил Али Алавдинов.25 октября 1994 года премьером назначен Саламбек Хаджиев.
24 октября 1995 года главой правительства национального возрождения стал Доку Завгаев, который занимал эту должность до избрания главой республики 17 декабря 1995 года.
13 апреля 1996 года после подписания указа президента РФ о прекращении боевых действий в Чечне председателем правительства ЧР назначен Николай Кошман. В ноябре 1996 года он освобожден от занимаемой должности в связи с заключением хасавюртовских соглашений и упразднением пророссийского правительства Чечни.
Все это время в республике параллельно действовало правительство сепаратистов, возглавляемое президентом Ичкерии Джохаром Дудаевым. После его гибели весной 1996 года пост премьера перешел к вице-президенту Зелимхану Яндарбиеву.
1 октября 1996 года коалиционное правительство Чечни возглавил Аслан Масхадов. После избрания президентом Чечни в феврале 1997 года он вновь возложил на себя обязанности председателя правительства, которые исполнял до начала контртеррористической операции в сентябре 1999 года.
После того как федеральные войска взяли под свой контроль территорию республики, 12 июня 2000 года временную администрацию ЧР возглавил Ахмат Кадыров, одновременно возглавивший и правительство республики.
19 января 2001 года главой кабинета министров республики назначен Станислав Ильясов.
13 ноября 2002 года главой правительства Чеченской республики стал Михаил Бабич (за неделю до этого Станислав Ильясов был назначен федеральным министром по делам Чечни).