По окончании института работал в НИИ сельского хозяйства и НИИ орошаемого земледелия, затем — секретарь Городищенского райкома комсомола Волгоградской области. Участвовал добровольцем в ликвидации последствий аварии на Чернобыльской АЭС. В 1991-м — консультант аппарата Совета министров СССР.
Затем работал заместителем начальника управления работы с государственными организациями банка МЕНАТЕП, финансовым директором компании "Росвооружение", заместителем руководителя департамента продовольственных ресурсов правительства Москвы. Возглавлял Центр экономической стратегии Волгоградской области, руководил центром "Школа инвестиционного менеджмента ВАПК" Академии народного хозяйства при правительстве РФ.В декабре 1999 года баллотировался в депутаты Госдумы по 68-му Волжскому избирательному округу (избирком дважды отказывал Попову в регистрации в связи с неточными данными о полученных доходах, но суд подтвердил его право участвовать в выборах). За сутки до голосования окончательно отстранен от участия в выборах.
В декабре 2000 года баллотировался в губернаторы Волгоградской области, набрал 9,67% голосов.
14 мая 2001 года назначен генеральным директором федерального казенного предприятия "Дирекция по строительно-восстановительным работам в Чечне". 16 августа 2002 года назначен заместителем председателя правительственной комиссии по восстановлению Чечни с сохранением прежней должности.
Женат, имеет сына. Хобби — плавание и футбол.