По данным ГКУ, Минтруд создал Федеральный фонд социальной поддержки населения для "реабилитации и оздоровления малоимущих граждан, инвалидов". Однако "из 42,6 млн руб., выделенных на социальную поддержку населения в Москве и Московской области, 30 млн руб. за два года были израсходованы на строительство дорогостоящих коттеджей". Пятая часть из 15,6 млн руб., выделенных на региональные социальные программы, "израсходована на ремонтно-восстановительные работы и оснащение подведомственных Минтруду учреждений, проведение праздничных мероприятий, оплату организационных расходов и приобретение сувениров и подарков".
В Общественно-государственном фонде социальных гарантий военнослужащим с 2000 по 2002 год "на содействие военнослужащим и членам семей в обеспечении их жильем, улучшении условий службы, быта и отдыха израсходовали 3,3 млн руб., или только 5,4% средств фонда, в то время как на содержание аппарата управления, проведение праздничных и культурно-массовых мероприятий израсходованы более 50 млн руб., или около 90% средств".Минюст с помощью Внебюджетного фонда развития исполнительного производства "в 2000-2002 годах допустил нецелевое использование денежных средств на сумму 1,1 млрд руб.". Кроме того, из средств этого фонда "оплачены расходы в сумме более 3 млн руб. на проведение выездного совместного заседания коллегий Минюста России, МНС России и координационного совета при полномочном представителе президента РФ в Дальневосточном федеральном округе и приобретение подарков для сотрудников центрального аппарата Минюста России".
Созданное при Минпромнауки государственное учреждение "Российский фонд технологического развития" (ГУ РФТР) "неправомерно перечислило со счета фонда на свою текущую деятельность 22,4 млн руб., предназначенные для целевого финансирования НИОКР". Кроме того, по данным КРУ, "из 1,6 млрд руб., что сопоставимо с годовыми объемами бюджетного финансирования приоритетных направлений науки и техники, в текущем году на НИОКР израсходовано лишь 0,4 млрд руб., или 26,3%, а более 1 млрд руб. находятся на счетах фонда без движения". "Так же неправомерно в 2001 году остаток средств в сумме 84,6 млн руб. на расчетном счете фонда в АКБ "МАПО-банк" переведен в дебиторскую задолженность ГУ РФТР".
Минатом за счет средств своего целевого бюджетного фонда, предназначенного для повышению ядерной, радиационной и экологической безопасности, "возместил в доход федерального бюджета 32,6 млн руб., израсходованных министерством на содержание собственного аппарата".
Росгеолфонд при Минприроды "каждый третий договор заключает на выполнение работ, не относящихся к его уставным задачам". Только в 2001 году профинансировано 15 таких договоров на сумму, превышающую 50 млн руб. В частности, оплачен контракт с ФГУП "Гипрогеолстрой" по теме "Формирование и ведение электронной базы данных по объектам недвижимости, расположенным в Москве и Московской области". Так же за счет средств Росгеолфонда "возмещены в доход федерального бюджета неправомерные расходы МПР России, выявленные КРУ Минфина России, на сумму 727 тыс. руб.".