Владимир Матюхин возглавил ФАПСИ в мае 1999 года. Прежний руководитель агентства Владислав Шерстюк был тогда назначен первым замом секретаря Совбеза: он был ставленником главы администрации президента Николая Бордюжи, который вскоре был отправлен послом в Данию. Вчера Владимир Матюхин был назначен первым замом министра обороны и руководителем нового Госкомитета по государственному оборонному заказу при МО. В функции этого органа передана координация всей деятельности по закупкам обычных вооружений для нужд всех силовых структур РФ. Как пояснил корреспонденту Ъ источник в аппарате Совета безопасности, "комитет будет заключать государственные контракты на поставку вооружений и военной техники с силовыми министерствами и службами в объеме средств, предусмотренных бюджетом, а затем размещать заказы на предприятиях оборонно-промышленного комплекса России". Заказ спецсредств останется за самими силовыми ведомствами. А заказ ядерного оружия и стратегических систем для вооруженных сил, по всей видимости, останется за начальником вооружений Минобороны — замминистра генерал-полковником Московским.
Михаил Фрадков, директор ликвидируемой ФСНП, назначен послом России в Евросоюзе в ранге министра.Любопытно, что он уже оформлялся именно на эту должность, когда был первым замминистра внешних экономических связей, но в 1997 году стал министром. В 1998 году после отставки правительства Черномырдина возглавил "Ингосстрах". В 1999 году в кабинете Сергея Степашина Михаил Фрадков снова возглавил МВЭС, которое в 2000 году было ликвидировано. Михаил Фрадков стал заместителем секретаря Совета безопасности, где занимался экономическими вопросами. Оттуда в 2001 году был назначен директором ФСНП.