Второй тур выборов губернатора Приморья завершился скандалом. Коммунист Андрей Ищенко, который с отрывом в 5,08% лидировал после обработки более 95% бюллетеней, к концу подсчетов уступил своему сопернику, единороссу Андрею Тарасенко, после чего объявил голодовку. О других спорных итогах выборов — в подборке “Ъ”.
27 мая 2001 года в первом туре выборов губернатора Приморского края наибольшее число голосов набрали руководитель ЗАО «Ролиз» Сергей Дарькин (23,94%) и депутат Госдумы Виктор Черепков (20,02%). За три дня до повторного голосования Приморский краевой суд отменил регистрацию Виктора Черепкова из-за обвинений в подкупе избирателей. В итоге во втором туре выборов Сергей Дарькин встретился с первым заместителем полпреда президента РФ в ДФО Геннадием Апанасенко и победил его, набрав 40,17%. Против всех проголосовали 33,71%.
29 июля 2001 года в первом туре выборов губернатора Иркутской области действующий глава региона Борис Говорин уверенно обошел ближайшего соперника — депутата Госдумы от КПРФ Сергея Левченко (45,05 против 23,93%), но во втором туре разрыв между ними сократился до 2,37 пункта (47,63 и 45,26%). В результате избирательный штаб КПРФ заявил, что по их подсчетам Сергей Левченко должен был опередить Бориса Говорина на 4%. После признания выборов КПРФ организовала митинг в Иркутске, по данным СМИ, на него пришли несколько сотен человек. Но на результаты выборов партия не повлияла. Спустя 14 лет, 27 сентября 2015 года, Сергей Левченко все же был избран губернатором Иркутской области, победив во втором туре врио губернатора региона Сергея Ерощенко.
22 сентября 2002 года во втором туре выборов губернатора Красноярского края глава Таймыра Александр Хлопонин обошел председателя местного заксобрания Александра Усса с преимуществом 6% (48,07 против 41,83%). Через неделю краевой избирком аннулировал результаты голосования, обвинив Александра Хлопонина в использовании административного ресурса. 3 октября президент РФ Владимир Путин назначил Александра Хлопонина врио губернатора Красноярского края, вскоре он официально вступил в должность. 27 января 2003 года краевой суд распустил региональный избирком по заявлению ЦИКа.
17 августа 2003 года первый тур выборов главы Карачаево-Черкесии неожиданно выиграл глава Нацбанка республики Мустафа Батдыев (41,67% голосов). Сторонники действующего главы КЧР Владимира Семенова (получившего 36,92%) начали массовые митинги с требованием отменить итоги выборов. Во втором туре 31 августа Мустафа Батдыев набрал 47,97% голосов, а его оппонент — 46,41%. Владимир Семенов заявил о фальсификациях и оспорил итоги выборов в суде, но 22 октября 2003 года Ставропольский крайсуд признал их действительными.
В октябре 2009 года «Справедливая Россия» (СР) обвинила единоросса Юрия Слепцова в фальсификации итогов выборов мэра Воскресенска, в результате которой кандидат от «Справедливой России» Геннадий Егоров проиграл выборы. По данным СР, господин Егоров в соответствии с протоколами набрал 51% голосов, а господин Слепцов — 40%. По официальным данным, единоросс опередил справоросса на 1% (они набрали 42% и 41% соответственно). Однако суд признал претензии «Справедливой России» необоснованными. Через девять месяцев после выборов господин Слепцов был арестован за вымогательство взятки.