18 декабря 1998 года, за двое суток до второго тура выборов в законодательное собрание Санкт-Петербурга, горизбирком большинством голосов обвинил губернатора Владимира Яковлева в грубом нарушении действующего избирательного законодательства и попытке повлиять на исход голосования. Обвинения были связаны с призывом Яковлева к горожанам поддержать в ходе выборов так называемый петербургский список кандидатов — сторонников губернатора.
20 октября 1999 года депутат законодательного собрания Петербурга Сергей Андреев обвинил Владимира Яковлева в физическом устранении другого депутата собрания — Виктора Новоселова. Сергей Андреев отметил, что Новоселов слишком много знал и мог свидетельствовать в суде против губернатора.23 февраля 2000 года вдова Анатолия Собчака Людмила Нарусова обвинила Владимира Яковлева в травле мужа, ставшей причиной его смерти, и заявила, что не желает, чтобы губернатор присутствовал на похоронах.
14 марта 2000 года глава фракции "Единство" Борис Грызлов обвинил Владимира Яковлева в попытке "политического торга" с Владимиром Путиным. Так Грызлов отреагировал на заявление Яковлева, что выдвижение Валентины Матвиенко в губернаторы Санкт-Петербурга "большая ошибкой, которая может помешать решить главную задачу — добиться максимальной явки избирателей на президентских выборах 26 марта".
9 сентября 2001 года в открытом письме генеральный директор ОАО "Ленэнерго" Андрей Лихачев обвинил Владимира Яковлева в национализации частной собственности в Петербурге.
4 декабря 2002 года СМИ Петербурга обвинили Владимира Яковлева в публичной "политической порнографии". Такая реакция последовала после того, как губернатор перед большим количеством людей сказал с трибуны: "Какая-то контора в Выборгском районе оповестила жителей, что губернатор подал в отставку". После этого Яковлев молча согнул руку в локте в характерном жесте, видимо адресуя его своим злопыхателям.