Затем Владимир Яковлев озаботился идеей постепенного перехода на стопроцентную оплату коммунальных услуг — в соответствии с правительственным планом реформы ЖКХ. В результате в январе 1996 года в Санкт-Петербурге в два раза были повышены ставки квартплаты и тарифы на коммунальные услуги. Кроме того, оплата отопления и горячего водоснабжения возросла в 2,5 раза.
В начале 1997 года Владимир Яковлев, Юрий Лужков и Борис Немцов договорились о проведении скоординированной реформы жилищно-коммунального хозяйства в Петербурге, Нижнем Новгороде и Москве. Планировалось к 2003 году довести оплату населением коммунальных услуг до ста процентов. Выполняя эту договоренность, с 1 февраля 1997 года Владимир Яковлев вновь в два раза повысил тарифы за жилищно-коммунальные услуги.Однако парламент города приостановил действие этого постановления. В городе прошли массовые митинги протеста, начался сбор подписей за проведение референдума о досрочном отстранении губернатора от должности. 21 мая в избирком Петербурга были поданы 246 тысяч подписей за проведение референдума о недоверии губернатору Владимиру Яковлеву. В итоге тарифы все-таки были повышены, а референдум не состоялся. В то же время другие участники соглашения, Москва и Нижний Новгород, воздержались от резкого повышения расценок на услуги ЖКХ.