Несмотря на десятилетний стаж парламентской работы, в законотворчестве Юрий Щекочихин практически никак себя не проявил, предпочитая писать не законопроекты, а депутатские запросы. Правда, без особого успеха. Так, в декабре 1998 года он с группой коллег просил Генпрокуратуру проверить деятельность вице-премьеров Юрия Маслюкова и Геннадия Кулика на предмет коррупции. Генпрокуратура сообщила, что оснований возбуждать уголовные дела против членов правительства нет. 31 марта 2000 года депутат Щекочихин предложил Думе направить и. о. генпрокурора Владимиру Устинову запрос "О факте обнаружения в городе Рязани 22 сентября 1999 года взрывчатого вещества". Однако палата это предложение отклонила.
Гораздо больший эффект имели журналистские расследования Юрия Щекочихина. Например, в начале 1989 года он опубликовал в "Литературной газете" статью "Шторм после шторма", в которой рассказал о незаконном аресте сотрудников правоохранительных органов Одесской области, занимавшихся расследованием фактов коррупции. В статье упоминался прокурор области Виталий Зимарин, якобы выбивавший показания из задержанных. Через четыре года господин Зимарин подал к газете иск о защите чести и достоинства. 25 ноября 1994 года Мещанский суд Москвы обязал газету выплатить пострадавшему 2 млн рублей.
2 июня 2001 года Юрий Щекочихин сообщил в "Новой газете" о секретных указах о награждении за войну в Чечне званиями Героев России секретаря Совбеза Владимира Рушайло, директора ФСБ Николая Патрушева и генпрокурора РФ Владимира Устинова. Спустя почти два года президент Путин частично подтвердил этот факт, заявив о том, что "Устинов и Рушайло получили звание Героев России за хорошую работу в Чечне", а Николай Патрушев награды пока не получал, но ее достоин. Подтвердились и многие факты, изложенные господином Щекочихиным в статьях, посвященных делу о поставках контрабандной мебели в торговые центры "Три кита" и "Гранд". 4 июня 2003 года суд оправдал начальника управления таможенной инспекции ГТК Александра Волкова и первого замначальника управления таможенных расследований и дознания ГТК Марата Файзулина, которых журналист называл жертвами коррумпированных руководителей силовых структур.
