Для АО «Саратовские авиалинии» авиакатастрофа завершилась отзывом сертификата эксплуатанта (летного сертификата). Сразу после крушения Ан-148 Росавиация начала проверку авиакомпании и, выявив ряд нарушений, ограничила действия летного сертификата до 27 апреля 2018 года. В марте того же года компания направила заявку на продление лицензии, но, как выяснилось, в перечень заявленного эксплуатантом авиационного персонала, составленный 14 марта, включены члены экипажа, погибшие 11 февраля 2018 года в авиационной катастрофе, а также воздушное судно Ан-148–100В, регистрационный номер RA-61704, утраченное в катастрофе. Глава Росавиации Александр Нерадько рекомендовал руководству «Саратовских авиалиний», «учитывая беспрецедентное, безответственное отношение к вопросам обеспечения безопасности полетов», самостоятельно отказаться от сертификата эксплуатанта и сосредоточиться на аэропортовой деятельности.
В авиакомпании заверили, что исправят нарушения. Ограничение сертификата продлили до 30 мая. В мае в «Саратовских авиалиниях» провели выборочную проверку летных заданий, летных книжек, табелей учета рабочего времени и других документов членов летных экипажей, регулятор выявил ряд системных нарушений. В частности, выяснилось, что компания планирует работу членов летного состава без учета нормирования рабочего времени и времени отдыха; экипажи «преднамеренно» не соблюдают режим в отсутствие должного контроля со стороны руководства; практикуются недостоверный учет рабочего времени и превышение максимальной продолжительности полетной смены в течение суток; отсутствует повторный медосмотр пилотов. В Росавиации посчитали, что «усталость уменьшает бдительность пилота, может стать причиной ненадлежащего наблюдения за ориентировкой и положением воздушного судна в пространстве, неправильной оценки ситуации, ошибочного понимания работы систем управления и как итог — принятия неправильного решения». В конце мая руководство «Саратовских авиалиний» направило новую заявку на продление сертификата эксплуатанта, но не получив ответа от Росавиации, отменило все рейсы.
После этого АО «Саратовские авиалинии» работало исключительно как оператор аэропорта Саратов-Центральный. По итогам 2018 года компания получила убыток в размере 707,6 млн руб. 29 мая этого года компания уведомила министерство занятости, труда и миграции Саратовской области о намерении сократить 394 из 493 сотрудников. Источники “Ъ” в «Саратовских авиалиниях» говорят, что, очевидно, после открытия саратовского аэропорта Гагарин (запланировано на август этого года) предприятие прекратит существование.