Создана в 1993 году по инициативе греческого парламента. Штаб-квартира ассамблеи расположена в Афинах. Своими главными задачами организация видит «всемерное содействие принятию законов, отвечающих интересам православия в обществе, где оно стало культурно- и этнообразующим фактором», а также «усиление политических мер в деле защиты духовных ценностей православия». Россия стала членом организации в 1994 году. В июне 2018 года новым главой Межпарламентской ассамблеи православия был избран российский депутат от партии КПРФ Сергей Гаврилов.