В июле 1998 года Михаил Ходорковский, Виктор Кресс и профсоюз ОАО "Томскнефть" подписали протокол о социальном партнерстве, в рамках которого губернатор обещал руководству ЮКОСа подумать над возможностью освобождения низкорентабельных нефтепромыслов от налогов.
В феврале 1999 года администрация Томской области и ОАО "Томскнефть" подписали протокол о взаимодействии, согласно которому нефтяники обязались производить уплату налогов в областной и местные бюджеты "в установленные сроки и в полном объеме". ЮКОС и "Томскнефть" также обязались погасить все задолженности перед областным бюджетом по отчислениям на воспроизводство минерально-сырьевой базы.В декабре 2000 года Михаил Ходорковский и Виктор Кресс подписали новое соглашение между областью и нефтяной компанией. Согласно этому документу, НК ЮКОС обязалась в 2001 году инвестировать в местную социальную сферу 120 млн рублей и поставлять нефтепродукты для отопления северных районов области по себестоимости. Нефтяники также обязались повысить внутрикорпоративную цену на нефть, на основании которой рассчитываются налоговые отчисления в область.
В октябре 2002 года на расширенном заседании правления НК ЮКОС в Вильнюсе Михаил Ходорковский заявил о намерении поддержать на губернаторских выборах 2003 года нынешнего главу Томской области Виктора Кресса.