2 марта 2000 года в Грозном была уничтожена колонна сергиевопосадского ОМОНа (погибли 22 человека). В ходе расследования заместителю начальника ГУВД Московской области Борису Фадееву, руководителю группы управления объединенной группировки войск от МВД в Чечне Михаилу Левченко и заместителю командира ОМОНа Игорю Тихонову были предъявлены обвинения в халатности. Отдали под суд только господ Фадеева и Левченко — дело Игоря Тихонова было приостановлено из-за его тяжелой болезни. 22 марта 2002 года по решению Старопромысловского суда Грозного, рассмотревшего дело на выездном заседании в Москве, офицеры были признаны невиновными за отсутствием состава преступления. Генпрокуратура опротестовала решение суда, дело было направлено на дополнительное расследование.
19 августа 2002 года под Ханкалой был сбит военный вертолет Ми-26. Погиб 121 военнослужащий. Прокуратура предъявила обвинение в "нарушении правил полетов или подготовки к ним, повлекшем по неосторожности смерть человека либо иные тяжкие последствия", командиру полка, к которому был приписан вертолет, подполковнику Анатолию Кудякову. 26 мая 2003 года в Северо-Кавказском окружном военном суде начались предварительные слушания по его делу. Командующий авиацией сухопутных войск генерал-полковник Виталий Павлов был временно отстранен от исполнения обязанностей, а позднее уволен из армии. Главкому сухопутных войск Николаю Кормильцеву, командующему войсками округа Геннадию Трошеву, и. о. командующего объединенной группировкой войск в Чечне Сергею Макарову и другим генералам были объявлены выговоры. Всего наказано 19 высокопоставленных военных.27 декабря 2002 года был подорван Дом правительства Чечни в Грозном. Погибли 72 человека. По итогам расследования был отстранен от должности комендант Грозного Александр Павлющенко. Против сотрудников курганского ОМОНа, охранявших чеченское правительство, было возбуждено уголовное дело по статье "халатность, повлекшая тяжкие последствия".